1、底本選擇：郭靄春的《黃帝內經素問校註》被視為底本。同時，還參考了元滑壽的《讀素問抄》，明馬蒔的九卷《素問註證發微》，吳昆的二十四卷《素問吳註》，張介賓的《類經》，清張誌聰的九卷《素問集註》，高世栻的九卷《素問直解》，張琦的十卷《素問釋義》等版本。
2、異文比較：對於版本中的異文，首先參考郭本及郭本記錄的其他版本記載，進行異文判斷。可以斷定的直接在正文中改正；二者俱通的異文，選用郭本作為正文；不可斷定的在正文中依照郭本，校勘筆記中註明他本寫作何字；還有他本中明顯的訛誤異文，壹並在校勘筆記中註明。
3、引用和註釋：在校勘過程中，需要對引用的資料進行詳細的註釋，以便讀者理解引用的依據和理由。
4、研究和整理：在完成校勘工作後，需要對校勘的結果進行研究和整理，以確保校勘結果的準確性和完整性。