《本草綱目》原序
進《本草綱目》疏
《本草綱目》凡例
序例上
----------歷代諸家本草
----------引據古今醫家書目
----------引據古今經史百家書目
----------采集諸家本草藥品總數
----------《神農本經》名例
----------陶隱居《名醫別錄》合藥分劑法則
----------采藥分六氣歲物
----------十劑
----------氣味陰陽
----------五味宜忌
----------五味偏勝
----------標本陰陽
----------升降浮沈
----------四時用藥例
----------五運六淫用藥式
----------六腑六臟用藥氣味補瀉
----------五臟五味補瀉
----------臟腑虛實標本用藥式
----------引經報使（潔古《珍珠囊》）
序例目錄第二卷
----------序例下
序例第二卷\序例
----------藥名同異
----------相反諸藥（凡36種）
----------服藥食忌
----------妊娠禁忌
----------飲食禁忌
----------李東垣隨證用藥凡例
----------陳藏器諸虛用藥凡例
----------張子和汗吐下三法
----------病有八要六失六不治
----------《藥對》歲物藥品
----------《神農本草經》目錄
----------中品藥120種
----------下品藥125種
----------宋本草舊目錄
主治第三卷\百病主治藥
----------諸風
----------痙風
----------項強
----------癲癇
----------卒厥
----------傷寒熱病
----------瘟疫
----------暑
----------濕
----------火熱
----------諸氣
----------痰飲
----------脾胃
主治第三卷\百病主治藥
----------噎膈
----------反胃
----------噦
----------呃逆
----------霍亂
----------痢
----------瘧
----------脹滿
----------諸腫
----------黃疸
----------腳氣
----------轉筋
----------喘逆
----------咳嗽
----------肺痿肺癰
----------虛損
----------吐血衄血
----------齒衄
----------血汗
----------咳嗽血
----------諸汗
----------怔忡
----------健忘
----------驚悸
----------狂惑
----------煩躁
----------多眠
----------消渴
----------遺精夢泄
----------溲數遺尿
----------小便血
----------強中
----------大便燥結
----------脫肛
----------痔漏
----------瘀血
----------積聚癥瘕
----------諸蟲
----------腸鳴
----------心腹痛
----------脅痛
----------腰痛
主治第四卷\百病主治藥
----------痛風
----------頭痛
----------眩暈
----------眼目
----------面
----------鼻
----------唇
----------口舌
----------咽喉
----------音聲
----------須發
----------狐臭
----------丹毒
----------風瘙疹痱
----------瘍癜風
----------九漏
----------癰、疽
----------外傷諸瘡
----------金、鏃、竹、木傷
----------跌仆折傷
----------五絕
----------諸蟲傷
----------諸獸傷
----------諸毒
----------蠱毒
----------婦人經水
----------帶下
----------崩中漏下
----------產難
----------產後
----------陰病
----------小兒初生諸病
----------驚癇
----------諸疳
----------痘瘡
----------小兒驚癇
水部第五卷
----------水之壹
水部第五卷\水之壹
----------雨水
----------潦水
----------露水
----------甘露
----------甘露蜜
----------明水
----------冬霜
----------臘雪
----------雹
----------夏冰
----------神水
----------半天河
----------屋漏水
水部第五卷
----------水之二
水部第五卷\水之二
----------流水
----------井泉水
----------井華水
----------節氣水
藥物解說
在藥物解說方面，本草綱目包括八個部分：
釋名，羅列典籍中藥物的異名，並解說諸名的由來；
集解，集錄諸家對該藥產地、形態、栽培、采集等的論述；
修治，介紹該藥的炮制法和保存法；
氣味，介紹該藥的藥性；
主治，列舉該藥所能治的主要病癥；
發明，闡明藥理或記錄前人和自己的心得體會；
正誤，糾正過去本草書中的錯誤；
附方，介紹以藥為主的各種驗方及其主治。
李時珍根據古籍的記載和自己的親身實踐，對各種藥物的名稱、產地、氣味、形態、栽培、采集、炮制等作了詳細的介紹，並通過嚴密的考證，糾正了前人的壹些錯誤。他在書中介紹和考證了許多來自南亞的藥物，並廣征佛書，給其中許多藥物註出了梵文譯名，這是十分難能可貴的。