在制度建設方面，根據新時期工作的需要，圖書館堅持精簡、統壹、效能的原則，努力建立運轉高效、運轉協調、行為規範的管理體系，抓好規章制度建設。2004年，根據教育部和學校的有關規定和要求，對原圖書館規章制度進行了整合，並廣泛征求了全館工作人員的意見。《福州大學圖書館規章制度匯編》經圖書館務會議討論決定，主管校長批準後實施，內容涉及崗位職責、業務工作、讀者服務、行政及設備管理、安全衛生等。實現了管理工作的規範化、標準化和科學化。
圖書館已經完全實現了現代化的計算機管理。文獻采訪、編目、預約、流通、閱覽、讀者查詢、參考咨詢、文獻傳遞等全過程采用網絡化管理，配備了較為完善的數字化服務設施。現有計算機設備850臺，其中電子閱覽室文獻檢索計算機500余臺，工作人員計算機80余臺，流通部目錄檢索計算機41臺，網絡交換。經過十五以來的重點建設，學校建成了大容量的SUN存儲系統，購置了IBM4500和IBM4800存儲系統，使存儲容量達到80TB，為教學科研提供了高質量的數據庫檢索和全文下載服務。學校還全面采用了易信圖書館的信息網絡系統，進壹步提高了系統的整體可管理性，滿足了學校資源的需求，給讀者和館員帶來了更多的便利，實現了我館的科學化、信息化管理。