人文學院包括中文、歷史、哲學三個系，有教育部批準的兩個研究所:中國語言文學研究所、歷史研究所；1國家其他部委研究基地——國家語言監測與研究教育教材中心；福建高校兩個文科研究基地:廈門大學哲學與當代社會研究中心、廈門大學中國社會經濟史研究中心；還有戲劇影視藝術研究中心、美國歷史研究中心、佛教研究中心、民間歷史文獻研究中心、宗教研究中心、中國風俗史研究中心、哲學研究中心、古籍整理研究中心、東南亞華文文學研究中心、陳嘉庚研究中心、道教與傳統文化研究中心、海洋考古研究中心、閩商研究中心、漢語應用與推廣研究中心、海洋文明與戰略發展研究中心、認識論與認知科學研究中心等等。
學院下屬廈門大學國學研究所和廈門大學通識教育中心。學院管理人類學博物館、魯迅紀念館和中國現代文學展覽館，並負責管理校史博物館和陳嘉庚紀念館。曾出版《中國社會經濟史研究》、《道教研究》等學術刊物。