雲南“重九”起義期間，他率家人、徒弟積極救護革命軍傷員。之後他不問俗事，潛心於醫療事業。抗日戰爭爆發後，他曾慷慨捐款支援前線。
為了使中醫發揚光大，他收徒二十多人悉心傳授。又與中醫同仁***創中醫講習班，建中國神州醫學會雲南分會，主辦《神州醫學報》，廣泛進行中醫理論的研究和宣傳。
雲南和平解放後，李繼昌積極參與新中國的建設，曾任中華全國中醫學會雲南省及昆明市分會名譽理事長，昆明市盤龍區醫院院長，還歷任雲南省壹至四屆政協委員。他以各種形式悉心培養醫務人員，其中不少人後來成為醫療骨幹。1956年，他將家藏中醫學典籍595卷全部捐贈國家，其中最珍貴者為《古今圖書集成醫部全錄》古版本壹部計214卷和《滇南本草》手抄本。此舉得到了社會和國家的稱道，省衛生廳給予獎狀錦旗予以嘉勉。
在漫長的行醫生涯中，李繼昌醫術日臻精湛。他臨床診斷壹絲不茍，審證確切才言治，他十分註意人體本身之正邪消長，認為“有邪必先祛邪，祛邪不可手軟；邪去然後扶正，正虛特者世，亦當扶正祛邪並用。”還進壹步探究天人關系之協調，因昆明風多濕盛，故祛邪時尤應註重祛風除濕兩個方面。
李繼昌最擅長婦科和兒科，他認為調 理婦科氣血，重在調理臟腑功能；而臟腑之中，又重在肝脾兩臟；肝脾之中，又以調肝為主。至於兒科，他以“痧中伏痧”配合“刮痧”治療麻疹；至於紫斑，他不治血而治蟲，驅蟲又重調肝健脾；他制成的“雞肝散”是治療小兒疳積蟲癥的良藥，“英雄獨壹丹”，則於跌打損傷、止血化瘀等癥效果頗佳。
李繼昌註重醫理的探討，其中，《傷寒衣缽》壹書，匯集歷代關於《傷寒論》的數十種註釋，將著名瘟病學典籍與自身心得融為壹體，對外感熱病之診治加以提綱挈領的論述，有壹定的學術價值。1978年整理出版的《李繼昌醫案》，匯集其壹生的醫學經驗。