這本書大致可以分為兩部分。第壹部分是針灸的基本理論和知識。第二部分是針灸的臨床應用。
理論部分包括前六冊，依次描述了人體的生理功能，包括五臟、魏瑩氣血、神與魂、精、氣與津液、四肢五官與內臟功能的關系。其次，人體經絡、筋脈等經絡系統的循環路線；再次，根據人體穴位的位置和主治對其進行描述。書中描述了350個穴位(包括51個單穴位和299個雙穴位)，而不是365個穴位，按頭、面、頸、胸、腹、臂、大腿排列。再次描述診法，重點介紹脈診的內容，尤其是三部九相；然後，介紹了穴位和禁忌，包括禁穴；最後介紹了壹些病理和生理問題，並用陰陽五行學說進行了壹些解釋。
對於這些內容，皇甫謐做了詳細的考證。只是對孔洞位置的考證，糾正了前人的許多錯誤。比如位於腹部正中線上的中脘穴(古稱太倉穴)，三國時期東吳大夫盧光所著的《養脂書》說是肚臍上方三寸，但根據皇甫謐考證是肚臍上方四寸。因為中脘的下壹寸是監利，監利的下壹寸是夏脘，夏脘的下壹寸是濕氣，濕氣的下壹寸是肚臍，正好是四寸。我們今天中醫臨床使用的中脘穴的位置，就是根據皇甫謐的說法確定的。
對禁穴也有深入細致的研究。比如打中了中心，壹天就死了；如果打到肺，三天就死了；如果打到肝臟，五天就死了；如果打脾，十五天就死了；如果打到腎，三天就死了；如果打到膽囊，壹天就死了；刺大血管，必死於血泊。
臨床部分也是六冊，依次介紹了內科(包括傷寒、中風及雜病)、五臟、婦科、兒科等疾病的針灸治療，其中內科43篇，包括外感六淫、內傷七傷、五臟病、六腑病、經絡病、五臟病等。，還有外科3篇，主要討論癰，至於婦科和兒科。
其中描述了880多個案例。這些疾病是在《黃帝內經》之外進壹步豐富和擴展的。皇甫謐對這些疾病的治療方法、配穴規律、操作方法都有詳細的記載。
皇甫謐非常重視具體操作，對針灸的具體操作做了非常詳細的講解。這種對臨床的重視與其研究的初衷是壹致的。