《四庫全書》完成至今的兩百年間中國歷經動亂，《四庫全書》也同樣飽經滄桑，多份抄本在戰火中被毀。其中文源閣本在1860年英法聯軍攻占北京，火燒圓明園時被焚毀，文宗、文匯閣本在太平天國運動期間被毀；杭州文瀾閣藏書樓1861年在太平軍第二次攻占杭州時倒塌，所藏《四庫全書》散落民間，後由藏書家丁氏兄弟收拾、整理、補鈔，才搶救回原書的四分之壹，於1881年再度存放入修復後的文瀾閣。文瀾閣本在民國時期又有壹次大規模修補，目前大部分內容已經恢復。因此《四庫全書》今天只存4部，其中文淵閣本原藏北京故宮，後經上海、南京轉運至臺灣，現藏臺北故宮博物院（也是保存較為完好的壹部）。文溯閣本1922年險些被賣給日本人，後從沈陽故宮轉運至蘭州，藏甘肅省圖書館，文津閣本現藏中國國家圖書館，而殘缺的文瀾閣本則藏於浙江省圖書館。
1966年10月，為保護《四庫全書》安全，經中央有關部門協調，遼寧省將文溯閣《四庫全書》秘密運至蘭州，藏於山中。目前，遼寧有關人士要求歸還，以“書閣合璧”。甘肅方面也修建藏書樓，加強保護。文溯閣《四庫全書》其最終歸屬仍未定。
民國初期，商務印書館影印了《四庫全書珍本初集》。臺灣商務印書館影印出版了文淵閣本《四庫全書》。上海古籍出版社曾將之縮印。1999年上海人民出版社以及香港中文大學分別出版發行文淵閣本《四庫全書》電子版。