其“血瘀證與活血化瘀研究”榮獲國家科技進步壹等獎，“證效動力學研究”榮獲國家科技進步二等獎，“清代宮廷原始醫藥檔案研究”榮獲古籍整理金獎，並先後榮獲多項省部級科技成果獎；求是傑出集體獎、何梁何利科技進步獎、世界中醫藥聯合會中醫藥國際貢獻獎等；1991年當選為中國科學院學部委員（院士）；2007年被確認為國家非物質文化遺產傳統醫學代表性傳承人；2009年榮獲吳階平醫學獎；2014年9月22日，於人民大會堂被授予“全國傑出專業技術人才”榮譽稱號。