金陵刻經處具有重要的歷史價值，不僅完整地保存了中國古老的木刻水印技藝之精髓，還收藏了大批珍貴的佛經版，它是研究中國佛教文化歷史的重要實物資料。
金陵刻經處於光緒年間雕刻的“慈悲觀音像”、“靈山法會圖”等18幅佛像版藝術價值極高。這些佛像版規模之大、雕刻技藝之精湛、保存之完好令人嘆為觀止。此組佛像版為國內僅有，所雕人物形象莊嚴華妙，實為版畫藝術和文物之珍品。
金陵刻經印刷技藝在學術界亦占有重要位置。南京大學的印刷史課程、上海復旦大學的古籍版本課程，都有金陵刻經印刷技藝內容。國外的印刷史研究專家學者也常來參觀，他們稱贊金陵刻經處是“活的古代印刷博物館”。
國內外很多寺廟、佛堂、在家居士和學者等都對線裝經書有壹定的需求。金陵刻經印刷技藝在弘揚民族文化、促進中外文化交流方面，也發揮著重要作用。
2006年，金陵刻經印刷技藝被國務院列入第壹批國家級非物質文化遺產名錄。雕板藝人馬萌青被江蘇省文化廳命名為第壹批江蘇省非物質文化遺產金陵刻經印刷技藝代表性傳承人。