原石的材質是天然的。原石是壹種沈積巖，含有玉石、瑪瑙、水晶成分。在很多古籍中，都有“九眼石天珠”的記載，喜馬拉雅山各國都認為天珠屬於“天石”。
其實早期的天珠也是天然瑪瑙的壹種，因為地下巖漿因地殼變動而大量噴出時，天珠所處的環境與瑪瑙不同，形成了比普通瑪瑙更美麗的天然圖騰，這也是最早的天珠模型。
市面上最常見的天然天珠是藥師珠，也叫圓珠。這些天珠多為扁豆形，每顆藥師珠中間都有壹條天然的白色條紋。相傳將藥師珠緊緊握在手心可提高珠的溫度，再張開手掌可使藥師珠散發出天然的藥香，故名藥師珠。