《東觀漢記》在傳承的過程中不斷散佚。 在《東觀漢記》流傳之初，為世人極為看重，與《史記》、《漢書》並稱為“三史”，地位極其重要。晚出的記載東漢歷史的紀傳體史作，如三國吳謝承、晉薛瑩、華嶠、謝沈、袁山松以及南朝宋範曄、梁蕭子顯的七家《後漢書》，晉司馬彪的《續漢書》、張瑩的《後漢南記》，無不取材於《東觀漢記》，所以《文心雕龍·史傳篇》有“後漢紀傳，發源東觀”的說法。在諸家《後漢書》之中。在諸家東漢史作中，由於範曄的《後漢書》集諸家之大成，加之屢有人註音釋義，遂大行於世，《東觀漢記》於是逐漸浸微。 於唐貞觀年間編撰的《隋書·經籍誌》錄得的壹百四十三卷是東漢末年楊彪整理的版本。東漢末年，亂經歷董卓之亂，《東觀漢記》書稿已經開始散佚。至楊彪許在許都續補《漢記》之時，蔡邕等人的原稿已經無法補齊，而經歷魏晉南北朝《東觀漢記》未有散佚。 《舊唐書·經籍誌》將《東觀漢記》錄為壹百二十七卷。《舊唐書·經籍誌》抄自毋煚的《古今書錄》，作成於唐玄宗開元九年以後，為集賢書院官本。由此看來，至唐開元年間，官本《東觀漢記》已經散佚了十六卷。
傳至兩宋，《東觀漢記》散佚更多。《通考·經籍考·雜史類》引羅鄂州序曰：“願聞之上蔡任《文源》曰：‘家舊有《東觀漢記》四十三卷，丙子渡江亡去。後得蜀本，錯誤殆不可讀，用秘閣本讎校，刪著為八篇。洎見唐諸儒所引，參之以袁弘《後漢紀》、範曄《後漢書》，粗為完具’。”羅願為南宋初年人，說明到北宋末至南宋初年，《東觀漢記》已亡佚至四十三卷，缺失了三分之二以上，便是這壹版本，不久也便“渡江亡去”，後又有蜀本，但錯誤很多，經校讎後僅存八篇。 至元代，《東觀漢記》完全散佚。
雖然《東觀漢記》逐漸散佚失傳，但直至唐宋時期，《東觀漢記》仍然流傳不絕，人們記述東漢史事仍然經常引用其中文字，因此，在傳世文獻中，還是保存了《東觀漢記》的許多片段。 不過，清代之前，長期無人進行輯集，直至康熙年間，錢塘姚之骃成《後漢書補逸》，輯集了有關東漢的八種史書，其中第壹種即為《東觀漢記》八卷，所據之書限於《續漢書》十誌劉昭註、《後漢書》李賢註、《北堂書鈔》、《藝文類聚》、《初學記》五書，遺漏很多。乾隆時修《四庫全書》，館臣以姚輯本為基礎，參以《永樂大典》諸韻所載，又旁考其他各書，補其闕失，所增達十分之六，厘訂為二十四卷，其中包括帝紀三卷、年表壹卷、誌壹卷、列傳十七卷、載記壹卷、佚文壹卷，刊入《武英殿聚珍叢書》。該輯本比姚輯本完備，但仍有壹些脫漏，如《稽瑞》、《開元占經》、《事類賦》、《記纂淵海》等書所引的某些條目沒有采入。由於輯者使用的《北堂書鈔》是陳禹謨的竄改本，所以被陳禹謨刪去的《東觀漢記》條目，該輯本也沒有收錄。
由於《四庫全書》館輯本的以上缺陷，因此，到了現代，依然有對《東觀漢記》輯本進行進壹步完善的必要。壹九二八年，由吳樹平先生與中華書局的趙明先生開始了對《東觀漢記》重新輯錄的工作。 由吳樹平先生確定需要翻檢的古籍，趙明先生負責檢索和輯錄。此後，檢索輯錄遺文的工作又由吳樹平先生中國社會科學院歷史研究所的唐中瑜先生分擔。 輯遺完成後的《東觀漢記校註》第壹版由中州古籍出版社於1987年出版，中華書局2009年再版。 《東觀漢記校註》對《東觀漢記》進行了重新的輯錄，凡姚之骃和《四庫全書》館館臣所采用過的各種書籍又都全部做了檢查；前書所謂采用的書籍，如《風俗通義》《世說新語》《隋書》《史略》《證類本草》《太平寰宇記》《事類賦》《事物紀原》《書敘指南》《海録碎事》《錦繡萬花谷》《事文類聚》《記纂淵海》《古今合璧事類備要》《玉海》《翰苑新書》《急就篇補註》《鳴沙石室古籍叢殘》《壹切經音義》《華嚴經音義》等，也都進行了檢索。同時，吳樹平先生在對《東觀漢記》進行輯遺和校註的過程中，對前人輯遺過程中采用底本版本的問題也進行了特別的註意。例如姚之骃和《四庫全書》館館臣所參考的《北堂書鈔》所用的是陳禹謨刻本，又參用唐類函中所錄《北堂書鈔》的部分，此本增刪篡改比比皆是，因此也導致了《東觀漢記》的輯本出現了諸多錯誤。吳樹平先生輯校《東觀漢記》采用的是孔廣陶校註本《北堂書鈔》，又參用了明抄本和活字本，取得了不少新的成果。其他各書也皆類此，盡量選用善本進行輯錄。 全書***二十二卷，體例遵從了從《史通》、範曄《後漢書》李賢註、司馬彪《續漢書》八誌劉昭註、《北堂書鈔》等書所載的體例，分為紀、表、誌、傳幾個部分，分為紀三卷、表壹卷、誌壹卷、傳十五卷、載記壹卷、散句壹卷。 全書紀傳的排列多參考了範曄《後漢書》，基本上按時間順序排列，但遇到同屬壹族或者同類型、有關聯的人物，則打破時間的界限，前後歸在壹處。少數人物時代不明，壹律記載在傳的最後壹篇。誌的排列主要參考了《後漢書·蔡邕傳》李賢所註的《東觀漢記》諸誌的次序，同時也參考了《續漢書》八誌的次序。紀傳中文字的次序，參考《後漢書》，按照時間發生的先後，逐條進行排列，個別條目文字簡略，無法確定事件發生的具體時間，則壹律綴於篇末。 《東觀漢記校註》中各篇正文所蔡邕的文字，文末皆註明出處，未被采用的各條文字，壹律作為校勘的資助，在校註中做出說明。