校勘學是壹門相對發達的傳統學問，歷代學者尤其是清儒運用校勘方法整理圖書積累了豐富的經驗。陳乃乾以精審的校勘成果和系統的歸納總結，極大的豐富了這門傳統學問。他壹生著述頗豐，涉及文史領域的多個學科，其中校勘出版的古籍占有相當的比重。他校勘的《三國誌》，是《二十四史》中校勘工作頗具特點的壹種史書。陳乃乾用百納本、清武英殿本、金陵活字本、江南書局本等4種版本互相勘對，利用梁、盧兩家成果，又取原書復勘，並加采翁同龢、楊通、吳承仕諸家之說，作了進壹步整理和點校。是書的點校整理出版，為促進史學研究，繁榮祖國文化做出了貢獻，在海內外學術界產生很大的反響。但由於陳乃乾並非三國史方面的專家，而又受限於時代條件，沒辦法見到當時港臺方面的研究成果，特別是與盧弼同時的易培基的《三國誌補註》，因而把壹些在《四部叢刊》本中已經解決的壹些文字問題疏忽過去，點校本前四史出齊之後，陳本是唯壹壹個沒有做校勘記的標點本，後來學界資深編輯王利器先生對陳乃乾的工作頗為遺憾。盡管如此，陳乃乾的工作為今後我們的古籍整理工作提供了經驗和教訓。
陳乃乾在校勘古籍的同時，還影印出版了許多珍貴的古籍。早在經營中國書店的時候，陳乃乾就在《中國書店願盡力以便利貢獻於海內外學者》的廣告中說：“海內外學者，如有需要之書而苦不能購得者，請將書名函寄本店，如果本店接到同樣需要之函滿五十本以上即特別開印。”這雖是壹種科學經營之道，但也正是他保護古籍，古為今用思想的體現，也是他古籍校勘整理工作的開始。建國後，負責中華書局影印組時規劃影印重要古籍《永樂大典》及清人考訂筆記等。從19世紀初到60年代，經他校勘、影印的古籍有很多，其中主要有《全上古三代秦漢三國六朝文》、《文苑精華》、《楚辭集註》、《影刊宋金元明本詞》、《絕妙好詞箋》、《世說新語》、《經典集林》、《說文解字》、《廣韻校本》、《且韻指掌圖》、《三國誌集解》、《史通》、《觀堂集林》、《周書後案》、《<嘉靖>上海縣誌》、《<正德>金山衛誌》、《清代學術叢書》等，又輯印海寧鄉邦文獻《觀堂遺墨》、《海寧三家詞》。
凡是準備影印的古籍，陳乃乾都要認真審定，並用不同版本加以校勘，再增設序、跋、附錄、索引等後方才影印刊行，《漢唐地理書鈔》就是典型壹例。我國古代地理書籍，大多篇幅不多，易於散失。南齊陸澄和梁任昉所輯地理書到元、明時期早已失傳，連《隋書經籍誌》所著錄的地理書也十不存壹了。陳乃乾主持影印《漢唐地理書鈔》，根據王漠所輯佚的原刻2冊和抄本2冊合成比較完備的版本，另外還將陳運溶輯《湖南省境內的古地誌》附印在後，因為兩家所收各有異同，所以合為壹冊，方便讀者參考使用。《明經世文編》為明朝陳子龍選輯，***504卷，補遺4卷，收集的各家文集在千種以上，資料十分豐富，史料價值極高。其中有些內容現今已經無傳本，只賴本書選錄才得以保存，然而，在清代竟將此書列為禁書，所以流傳甚少。陳乃乾在影印時書時，采用華亭陳氏平露堂明刻本為底本，用上海圖書館、武漢科學院圖書館、蘭州圖書館、旅大圖書館（旅大即今大連，大連市在1951年~1981年曾稱為“旅大市”）所藏的四部比較完整的印本，逐頁比對，選擇抽換，配合成壹部目前最為完整的書，還附有《作者姓名索引》和《分類目錄》，以便讀者查檢。不僅如此，陳乃乾對所有影印出版的古籍都加了出版說明或序言，除有的請陳垣、吳晗等專家撰寫外，有不少署名“殷韻初”、“中華書局影印組”的，都是陳乃乾主筆撰寫的，由於他秉性謙虛，治學嚴謹，很少簽署真名。他還編著有《四庫全書總目提要索引》、《室名索引》、《別號索引》、《清代碑文通檢》、《瀏陽譚先生（嗣同）年譜》、《徐闇公先生（孚遠）年譜》、《上海地方誌綜錄》、《測海樓善本書目》、《禁書總錄》、《啟禎兩朝遺詩考》等。 《全上古三代秦漢三國六朝文》、《文苑精華》、《楚辭集註》、《影刊宋金元明本詞》、《絕妙好詞箋》、《世說新語》、《經典集林》、《說文解字》、《廣韻校本》、《且韻指掌圖》、《三國誌集解》、《史通》、《觀堂集林》、《周書後案》、《<嘉靖>上海縣誌》、《<正德>金山衛誌》、《清代學術叢書》、《觀堂遺墨》、《海寧三家詞》等。