流傳於雲南彜族社會的彜文典籍《萬事萬物的開端》說，彜族祖先色色帕爾從餿飯中悟出了釀酒的道理，但他為尋找酒藥卻獻出了畢生的精力，最終仍沒有獲得成功，後來是他的徒弟火洛尼咎繼續努力，依靠集體的智慧和力量，最後才找到會成酒曲的草本原料及合成辦法。酒曲不是壹朝壹夕由某壹人發現的，而是在漫長的生產實踐中逐步摸索總結出來的。歌謠以極其優美的語言，創造了壹種既艱辛曲折又富有詩情畫意的境界，在歷數發現酒藥的艱難曲折時，表達了對酒的由衷贊美，也揭示了彜族先民們“勞動創造美好、勞動創造生活”的古樸思想觀念。歌謠提出“做酒曲要用十六種草藥”。流傳於雲南祿勸、武定壹帶的彜文古籍《根本·酒藥歌》則認為，做酒曲的草藥***有十二種，並且指出類別，說明制作酒曲的辦法。
我國古代少數民族中流傳著嚼米釀酒法。《魏書·勿吉傳》載：當時的“失韋”人能夠“嚼米醞酒，飲之能醉。”《稗海紀遊》載，臺灣高山族，“其釀酒法，聚男女老幼***嚼米，納筒中，數日成酒，飲時入清泉和之。”“嚼米成曲”，是壹種較為落後的酒曲制作方法。
宋元以來，少數民族聚居地雲南的釀酒業取得了長足發展，尤其水酒的民間釀制飲用已十分普遍。元初，意大利旅行家馬可·波羅歷滇，在其《馬可·波羅遊記》中，多次提到雲南釀酒業的生產及消費狀況。這表明，滇中各族群眾對酒曲的利用已達到了很熟練的程度。明代，民間出現了專事酒藥配制的人。著名旅行家徐霞客漫遊雲南山水，沿茶馬古道，由今雲南楚雄的南華縣進入大理的祥雲縣境內，“下山過壹村，北向二裏，逾壹坡，又二裏，過壹小海子，其北崗上有數家，曰酒藥村”。酒藥村，其地今已不詳，但以酒曲為村名，可推測當時即開始了壹定規模的酒曲商品化生產。
明清以後，隨著植物醫藥學的發展，少數民族對用以配制酒曲的植物的認識逾加深入，許多民族已能根據釀酒的原料，通過調整酒曲中某種植物成份的比例，來釀制和調配不同品味、不同色澤的酒，以適應不同的飲用要求。
雲南怒江的僳僳族以苦草(即龍膽草)為主要原料配制酒曲，做法是將苦草舂碎捏成團，在甑子裏蒸透，捂在竹筐中數日，發酵後即成酒曲。與僳僳族相同，碧羅雪山、高黎貢山壹帶的怒族也喜飲烈酒，並且較早就掌握了制造優質酒曲的方法。怒族配制酒曲的主料是玉米面和苦草，先把玉米舂成粉狀、把苦草搗碎，將玉米面和苦草粉盛在土鍋中，倒入冷水浸泡壹天壹夜，用泡出的紅色並帶有苦味的水汁把玉米面攪勻成半流體狀，搓成雞蛋大小的藥團，在竹筐鋪上米糠，把藥團分層放在竹筐裏，層與層之間再撒上米糠，以防沾連，最後把竹筐放置在火塘附近，待其發酵後取出用火烘幹即可。承擔以上工作的人，都是怒族婦女。
各少數民族制作酒曲的原料因地域、民族的差異而有所不同。拉祜族把柴胡、香樹皮、香蕉皮、桔子皮、草根、帶辣味的某些植物的稭稈和果實等和在壹起，用鐵鍋炒熟並煮壹夜後，晾幹、舂碎，再摻入老酒藥，藏捂在稻草中，密封發酵即成酒曲。藏族的酒曲另具特色：采用壹種叫“木都子格”的植物，拌以魚、山羊、野牛等動物的膽汁，碾成粉末，再加人面粉和少許涼水捏成餅，用細繩串在壹起，掛在屋墻上，風幹即成。彜族配制酒曲用料最多，所選配料，能根據釀酒的原料、季節以及釀酒人對酒的品味和色澤的偏好，在酒曲原料的選擇、比例和配制程序作適當的調整。彜族配制的土酒曲中常用的成份有：酒藥花、柴桂葉、地門冬、天門冬、馬風頭、黃蜂、小松根、老母豬耳朵草、山蘿蔔、小黃苓、穗呆子花、龍膽草、山薄荷、草烏、辣椒、麥芽、老母豬辣桿、亂頭發、小青草、綠藤、苦草、黃蘿尾、馬鞭稍、山膽參、何首烏、小毛竹、紅地芋、紅天麻、地草果、蜂蜜、蜂包殼、麥面、蕎面、玉米面。也有少數民族對酒曲的認識與利用起步較晚。如深居深山老林的拉祜族苦聰人雖然有長期的釀酒歷史，但卻不能配制酒曲，直到本世紀50年代，仍靠交換關系，用獸皮、熊膽、野三七等林產品向周邊的漢族、哈尼族換取酒曲，酒曲也因稀缺而成為苦聰人生活中的貴重物品，甚至在祭祖敬神時也用酒曲表達心意。這種狀況，是各民族間發展不平衡的表現。