被捕後去曹操的路上，華佗也給人治病。被關進監獄後，他知道曹操不會放過他，於是他強壓悲憤，把自己的三卷醫書《青囊經》逐字逐句整理出來，希望把自己的醫術傳承下去。這三卷整理好後，華佗交給了牢頭，牢頭不敢收。極度失望之下，華佗把它扔到火盆裏燒了。高頭這時候覺得不好意思，急忙去搶，只搶了壹卷。據說這卷是關於治療動物疾病的記錄。由此可見，華佗是壹個有骨氣的人，他具有不怕威脅，不怕利誘的高尚品質。
華佗沒有留下什麽特別的作品。這是中醫的壹大損失。雖然有人認為《中國藏經》《華佗方》等醫書是他的作品，但其實是後人所托。