主要區別在於主營業務方面的區別，當然發展歷史跟地理位置也有區別：
1、發展歷史：
潘家園：市場形成於1992年，是伴隨著民間古玩藝術品交易的興起和活躍逐步發展起來的，現在已成為壹個古色古香的傳播民間文化的大型古玩藝術品市場。
琉璃廠：清初順治年間，在京城實行“滿漢分城居住”。而琉璃廠恰恰是在外城的西部，當時的漢族官員多數都住在附近，後來全國各地的會館也都建在附近，官員、趕考的舉子也常聚集於此逛書市，使明朝時紅火的前門、燈市口和西城的城隍廟書市都逐漸轉移到琉璃廠。
2、地理位置：
潘家園：北京市朝陽區東三環南路橋西南；
琉璃廠：北京市的西城區和平門外。
3、主營業務方面：
潘家園：市場分為地攤區、古建房區、古典家具區、現代收藏區、石雕石刻區、餐飲服務區等六個經營區。主營古舊物品、珠寶玉石、工藝品、收藏品、裝飾品。
琉璃廠：主營書畫。琉璃廠有許多著名老店，如槐蔭山房、茹古齋、古藝齋、瑞成齋、萃文閣、壹得閣、李福壽筆莊等，文化氣息濃重。
擴展資料
潘家園開市時間：
周壹至周五 早上08:30－下午18:00；周六、周日 早上04:30－下午18:00。坐店商戶每日開放，周四、周五增加開放大棚二區，周六、周日市場全面開放。
琉璃廠開市時間
全天開放，開放時間9:00-18:00，免費。
參考資料：
百度百科-潘家園