東晉十六國時期，大壹統局面崩潰，人民陷入黑暗深淵。出於共同的需要，全社會大力支持佛教的傳播，推動其快速發展。突出表現為皇帝貴族崇佛，寺院僧尼數量激增，翻譯場廣泛設置，佛經翻譯和研究加強。這時，北方的傅土成、道安、鳩摩羅什和南方的慧遠成為他們翻譯、傳教和研究佛經的最有影響的人物。
南北朝時期，佛教信仰不斷興起。南朝所有的皇帝都信仰佛教，但梁武帝對佛教的熱愛是無以復加的。北方少數民族政權和十六國壹樣，仍然大力支持佛教。由於地域的限制，南北方的拜佛方式略有不同。南方繼承東晉徐雨，重視佛教義理傳統，在佛教理論上有許多創新。北方缺乏深厚的論義傳統，重在建石窟、修習禪定。著名的雲岡石窟和龍門石窟是在北魏時期開鑿的。此外，中國僧人向西方求法也成為壹個引人註目的現象。在南北方眾多的求法者中，法顯是最有名的。他寫了《佛陀的故事》，詳細描述了他曲折的旅程和豐富的經歷，也為後人了解和研究南亞的歷史和地理文化留下了珍貴的資料。
由於佛經的系統翻譯和佛教思想與儒道思想的進壹步融合，南北朝時期開始出現了各種側重於研究佛經某壹部分的學派。他們都互相爭論，獻疑發難，呈現出壹派繁榮的局面，為隋唐佛教宗派的誕生奠定了基礎。
隋唐五代時期，在南北朝各派的基礎上發展成為壹個較大的佛教宗派。隋代出現的教派有天臺宗、三論宗、三綱宗。唐朝出現的教派有:華嚴宗、法香宗、禪宗、法家宗、凈土宗、密宗、藏傳佛教。教派的出現是佛教長期發展的結果，大壹統的社會條件和日益繁榮的寺廟經濟是有力的催化劑。各種教派往往以壹些大寺院為據點，都有嚴格的教義和不同的教規，並與財產繼承權掛鉤，強調傳法世系，具有強烈的宗法性和排他性。因為各派所構建的理論體系代表了當時哲學思想的最高水平，深刻影響了廣大學者的思想和精神，影響了整個時代的思潮。此後，由於佛教的進壹步普及，各派教義滲透到人們的日常生活中，成為普通人觀念的壹部分。
五代以後，佛教繼續傳播，但基本方向是由盛轉衰。以禪宗為代表的漢代佛教進壹步儒家化，其外在功能和內在精神逐漸與儒道壹致，呈現出三教交匯的面貌。宋代佛教的重大事件之壹是漢文大藏經的刻制和印刷。先後刻有《珍寶》、《尊寧藏》、《開元藏》、《四喜藏》、《真沙藏》，為保存佛教文獻作出了重要貢獻。遼朝采取護佛政策，所以境內刻經建廟活動相當興盛。元朝和清朝都很重視喇嘛教，主流佛教也沒有大的起色。明朝朝廷對佛教限制較多，但也有學者對佛教產生了興趣，出現了很多佛學精深的居士。