《北堂書鈔》的版本流傳，頗為復雜。《新唐書·藝文誌》著錄此書為173卷，宋晁公武撰《郡齋讀書誌》與之同；《中興館閣書目》與《宋史·藝文誌》則皆作106卷。兩相比較，似此書傳之於宋時，已非全帙。宋王應麟《玉海》載：“二館舊缺《書鈔》，惟趙安仁家有本，真宗命內侍取之，手詔褒美”。說明在宋代，這部書已極為罕見。
清乾隆時修《四庫全書》所錄《北堂書鈔》，為內府所藏明常熟陳禹謨校刊本。陳氏對此書大加刪改增補，纂入唐貞觀之後及五代十國雜著，盡失原貌。張金吾《愛日精廬藏書誌·舊鈔本北堂書鈔》：“此本系永興原本未經陳氏增刪竄亂者，分甲乙丙丁戊己庚辛壬癸十冊，卷壹百三十九《車總載》篇，俱系大字無註，與全書異，陳氏改從壹律，立題分註，遂使原本面目不可復識。且所增補，或孱如五代十國事，更失限斷。藏書家每以不得壹睹原書為恨。今細核陳氏之書：大約原書所引之句與題不甚協者則刪；絕無文義可通者則刪；其書人人習讀無所用註則刪；其書世無傳本不復可校者則刪。或改引他書：如謝承、袁山松等《後漢書》，則改引範蔚宗書；十八家《晉書》，則改引房玄齡書是也。有原本正文而改作小註者；有原本小註而改作正文者；有陳氏所增而未註補子者；有陳氏稍加增改而註補字者。攙亂刪改，不可枚舉。” 清錢曾《讀書敏求記》雲：“世行《北堂書鈔》，攙亂增改，無從訂正”，所指即陳本。並言自嘉禾收藏家處見原本，翻閱之下令人心目朗然。清朱彜尊《曝書亭集》亦指陳本之誣，稱曾風《大唐類要》160卷，反復觀之，即《北堂書鈔》。明人好竄改古書，以己意刪改增補，為世所譏，陳氏故不能免俗，知其不可而為之，不尊重華夏文化。而錢、朱二人所言嘉禾木今亦不復見。明人俞安期稱看到壹個舊抄本，纂入《唐類函》本，亦多訛誤。《大唐類要》本，今發現國家圖書館藏有《大唐類要》的四種抄本，壹為清顧湘藝海樓藏本，***線裝20冊，160卷；另壹種也為藝海樓藏本，***12冊，有清莫友芝、丁日昌跋語，卷數未著錄；第三個為明代抄本，僅存4卷(139、158—160)，清勞權校並跋；第四個為清姚覲元咫進齋藏本，***13冊，存115卷。據朱彜尊介紹，《大唐類要》“大略出於原書”，有很高的版本價值，期盼能早日影印出版，以便學術利用。
本次據以影印的本子，為清光緒十四年（公元1888年）南海孔氏33萬卷堂影宋刊本。此本先是清代學者孫星衍得影宋本，約嚴可均、王引之等分別校訂，但有數十卷未校完。後南海孔廣陶又約林國賡、孔昭熙、傅以禮等續校成書，鏤版梓行，陳禹謨妄改之處，多加以更正，使本書大體復其舊觀。故這個本子雖然在刻印年代上晚於陳本，卻被公認為傳之於今世的最好的本子。
《北堂書鈔》的體例為先立類，類下摘引字句作標題，標題之下征引古籍。如：征役十二“以役國事”條下載：“《周禮·族師》雲：五家為比，十家為聯；五人為伍，十人為聯；四閭為族，八閭為聯，使之相保相愛，以役國事”。征引資料重在溯源，敘述還是很清楚的。