東漢劉向、劉欣、王充的“正統”觀點認為，《山海經》是大禹、伯夷所作，但人們在《山海經》中發現了發生在大禹、伯夷之後的史實，於是“禹與”之說受到質疑。此後隋朝顏之推堅持舊論，但面對無法掩蓋的漏洞，只好用《後人易》。《鄒衍說》；後人綜合了炎黃民族的傳說。南楚人說；巴蜀人說話；早期的煉金術士寫故事，等等。當代學者袁珂認為，《山海經》實際上是壹個佚名之人的作品，並不是壹個人壹次寫出來的。雖然以上故事不同，但可以肯定的是《山海經》的作者來自中國。
然而耐人尋味的是，關於《山海經》作者的爭論並不止於此。壹些學者，尤其是國外學者，對《山海經》的內容進行了細致的分析和研究，把追溯作者的視角擴展到國外，得出了令人驚訝的結論。他們說《山海經》不是中國人寫的，真正的作者很可能是外國人。這種說法就像是這樣，他們得出這個結論的依據是什麽？法國漢學家馬伯樂認為，《山海經》所描述的地理系統受到了公元前5世紀來自外部的印度和伊朗文化思潮的刺激和影響。言下之意，《山海經》的作者可能是印度人，也可能是伊朗人。香港學者衛聚賢在《古代史研究》壹書中進壹步澄清《山海經》的作者是印度人隋朝子。
1978年在臺北出版的《屈原和九歌》的作者蘇參考了《山海經》，並將作者的疆域推至更西的巴比倫。他認為《山海經》是壹部關於阿拉伯半島兩河流域的地理書，最初是巴比倫人寫的，戰國時期由波斯人帶到中國，其中壹些關於中國地理的內容是後人參雜的。他還認為《山海經》是壹本關於阿拉伯半島兩河流域的地理書。
有歐洲學者將《山海經》中記載的內容與希臘神話進行了對比，認為書中的長耳朵、怪股、三腳架等奇形怪狀的人物與希臘神話中的妖怪十分相似。此外，美國學者還認為《山海經》對美洲大陸有準確的描述，如《海外東經》、《野東經》中描述的“光華谷”，與美國的大峽谷有驚人的相似。《東山經》生動準確地描寫了黑石頭、內華達州的金塊、舊金山灣的海豹、會裝死的美洲負鼠等。也有研究者根據《山海經》指示的路線考察過美洲大陸，發現兩者之間有非常壹致的地理現象。從這些歐美學者的考證來看，言外之意似乎《山海經》又是希臘人或者美國人寫的了！
對《山海經》作者的爭議，從壹個側面反映出該書在歷史、地理、文學、動物學、植物學等諸多領域具有極其重要的學術價值和地位。雖然有些研究者從中國境外尋找作者，顯得牽強附會，難免嘩眾取寵，但不乏真知灼見。原因是《山海經》神奇，浩瀚，包羅萬象。因此，研究人員得出結論，人們有不同的看法。所以，要徹底解開這個謎團，還需要壹段時間。現在看來，歷史學家淩春生的觀點可能更為現實，即《山海經》是壹部以中國為中心，東西太平洋，南有南海諸島，西有西南亞，北有西伯利亞的古亞洲地理，記述了古亞洲的地理、自然歷史、民族、國籍。