1.《儒學與藏學匯編》(國家“211工程”、中國孔子基金會“985工程”重點項目)，1997-2015，首席專家、主編。
2.“中國孝史”(國家哲學社會科學基金項目)2003-2005。
3.“儒家文獻學研究”(教育部人文社會科學重點研究基地重大項目)，2005-2008年。
4.“中華大典，宋遼金元文學”(國家重點項目。主要負責“元文學部”)1994-1999。
5.2002-2003年“宋元學案補遺”(國家古籍整理出版規劃項目)。6.2002年“蘇軾經學三書研究”(教育部高校“古委”規劃項目)。
7.《惠匯編電子版》(哈佛大學與臺灣中央研究院合作項目，主任)2000-2002年。
8.“三個蘇聯研究”(四川省哲學社會科學規劃項目)1996-1998。
9 .“三蜀”(教育部省屬高校重點研究基地項目。第二負責人)1999-2000。
10.《歷代儒學學案》(《工程211》、《工程985》)2002-2008年，主編。
11.《宋甄姬叢書》("項目211") 2003-2004年主編。
12.“巴蜀文學研究”(四川省政府重點項目“巴蜀文學通史”)，2007-2009。