明清時期商品經濟的繁榮，促進了商業數學的發展，尤其是徽商對數學的重視，在歷史上是少見的。徽商編了不少應用商業數學書籍，如《銅陵算法》、《算林拔萃》、《庸章算法》、《算法纂要》等，其中影響最大的是程大位的《算法統宗》。該書是以算盤為計算工具的數學書。程大位在書中將珠算的加、減、乘、除、開方運算的口訣系統化、完整化，使珠算成為壹種完全成熟的計算方法。
清代安徽的天文學研究在全國占有重要地位，其中梅文鼎更被譽為“歷算第壹名家”。梅文鼎壹生活了89歲，著書88種之多，其中絕大多數是天文、歷法和數學著作。梅文鼎歷法著作大致可以分為五類：其壹，對中國古代歷法的考證、補訂和研究；其二，對西洋新法的疏解，並融會中西；其三，回答別人的疑問和授課的講稿；其四，天文儀器的考察和說明；其五，方誌中的天文部分。其對天文學的貢獻是多方面的，僅解釋《授時歷》、《大統歷》中未載的計算原理、校補壹些計算用表，就給後人閱讀原歷本帶來很大便利。如平立定三差法及弧矢割圓術等，就是由於梅文鼎等人的闡發才使後人得明其真諦的。梅文鼎還對當時已經傳入中國的西方天文學知識，進行了廣泛和深入的研究，撰述多部著作，並參照中西星表，繪制了較為完備的星圖。新的星圖的繪制是他會通中西天文學方面壹項較大的工作，主要是將托勒密的星表、《崇禎歷書》的星表、Bayes的星表以及《天文實用》、《天學會通》等記錄進行系統整理，統壹名稱，並有所增補，對研究我國關於恒星的發展有很大幫助。他還創制了月道儀等天文儀器。
梅文鼎對清代數學的貢獻也很大。梅文鼎數學著作據記載有26種，從種數來說不如其天文、歷法著作多，但其卷數和篇幅卻大有超過，其內容遍及遍及初等數學的各個門類——算術、代數、幾何、三角和球面三角等。
二、醫學方面的成就
明清兩代是安徽古代醫學史上的鼎盛時期，醫學人才濟濟，醫著宏富，醫學理論和臨床各科都有諸多發明，為豐富和發展祖國醫學做出了重要貢獻。尤其是新安醫學在全國獨樹壹幟，令人矚目。就醫學人才而言，出現了在全國頗有影響的醫家，如汪機、孫壹奎、汪昂、吳謙，等。就醫學著作而言，初步統計明清兩代安徽醫著約六百多種，約占清以前安徽醫籍總數87.7%，新安壹隅約四百余種，亦居全省之首。其內容涉及醫學理論、臨床實踐、方書、本草、醫案、叢書等各個方面，從通論到分科，從提高到普及，幾乎應有盡有。其中吳昆的《醫方考》是現存第壹部註釋醫方專著，江升的《醫學類聚》則是第壹部總結歷代醫案的專著。而徐春甫的《古今醫統大全》和吳謙等著《醫宗金鑒》還被有關學者列為我國十大古醫著之列。另外，吳勉學匯刻的《古今醫統正脈全書》44種、《痘疹大全八種》，順琯輯刊的《薛氏醫案二十四種》等，都是大型醫學叢書。這些書籍對匯集和保存古代重要醫學文獻、促進祖國醫學發展作出了重要貢獻，在中國醫學史上留下了光輝的壹頁。在醫學理論上和實踐中，新安醫家們已形成系統的醫藥學知識，實踐中重視調養脾胃、肝腎與氣血，用藥平正中和，形成了獨樹壹幟的流派。對於中國獨特的傳染病學——“溫病學”，新安醫家如汪機、葉桂、鄭康宸等人也曾作出過傑出的貢獻。對於古代壹種流傳極廣的傳染病——天花，我國醫家曾探索用種痘的方式來預防，而人痘接種法的發明，據典籍記載於16世紀中葉發明於寧國府太平縣。
三、物理學方面的成就
明清兩代，隨著安徽科技的空前繁榮，物理學領域隨之出現著名學者及重要成就，較突出的是朱載堉和他的十二平均律，方以智撰述《物理小識》，以及鄭復光《鏡鏡詅癡》。
在物理學方面，朱載堉的最大貢獻是他大膽而徹底地揚棄了千余年來的舊律制，創造了現今世界各國都在應用的十二平均律，這是我國聲學史的壹項傑出貢獻。朱載堉在八度音之間分成12個音程相等的半音，順序組成12個等程律，又叫十二平均律，如此，可以用任何壹律作為主音組成各調的音階，而且它們全音的音程都是壹樣的。這在樂律研究史上是壹次革命性的變革。相鄰各律間的等程性，使新的樂律對任何曲調都能應用，轉調自如，徹底解決了旋宮變調的問題，有利於曲調的創作和樂器的制造，有很高的的實用價值。
方以智在自然科學上的成就，集中體現在他所著的《物理小識》中。這是壹部關於自然科學方面的百科全書式的著作。其中涉及到的物理學知識，有光學、電學、磁學、聲學、力學諸多方面。
鄭復光是近代中國第壹個取得巨大成就的光學家，他最傑出的貢獻則是光學成就。1935年，鄭復光寫成《鏡鏡詅癡》壹書。《鏡鏡詅癡》在許多方面都有所發明：在研究透明柱體時，發現了全反射現象；在討論發光體的光學性質時，使用了“光面”概念；提出和討論了小孔成像的理論；至於光量參數的提出，更是當時光學研究的先進成果。《鏡鏡詅癡》是我國歷史上第壹部光學專著，它從理論和實踐兩方面總結了當時已有的各種光學知識，形成了壹個融合中西的獨特的光學體系。