現存古籍直接引用《桐君（錄）》佚文者
1、《太平禦覽》引《桐君》：《太平禦覽》是北宋初太平興國八年（983年）官修的大型類書，全書***壹千卷。卷八六七直接引用的書名即《桐君錄》，***有“茗”（即茶）及“茶花”二藥。
2、《醫家千字文》引用《桐君錄》：《醫家千字文》是日本永仁元年（1293年）惟宗時俊撰寫的著作。在其原註中引錄了《桐君錄》的壹段其在神農氏用鞭撻物類，辨識藥物的歷史傳說，這應當是《桐君采藥錄》壹書“序錄”的部分佚文。
現存古籍間接引用《桐君》佚文者
1、《太平禦覽》引《吳氏》，轉引《桐君》：《吳氏本草》的著者吳普為三國時人。《吳氏本草》又名《吳普本草》、《吳氏本草經》或《吳普》，全書六卷，惟原書早在北宋時已佚，但在《太平禦覽》中尚保存有該書以下各條藥物的佚文。即：
斑貓（即斑蝥，佚文見《禦覽》卷九五壹引《吳氏本草經》，轉引《桐君》）。
石膽、黃符、白符、黑符、陽起石、白礜石（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九八七，引《吳氏本草》轉引《桐君》）。
麥門冬、茯苓、卷柏、當歸、細辛、署預（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九八九，引《吳氏本草》，轉引《桐君》）。
烏頭、烏喙（均見“烏頭”條）、提母（即知母）、雷丸、虎掌、貫眾、芍藥、澤蘭、狗脊（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九九○，引《吳氏本草》，轉引《桐君》）。
人參、丹參、玄參、木防己（“防己”條）、奄閭（即“菴(艹閭)子”）、委萎（即“女萎”或“萎蕤”）（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九九壹，引《吳氏本草經》，轉引《桐君》）。
黃芩、恒山（即常山）、防風、牡丹（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九九二，引《吳氏本草》，轉引《桐君》）。
巴豆、莽草、狼牙、落石（即絡石）、鬼箭、房葵、蜀黃環（即黃環）、甘遂、馬刀（以上各藥佚文均見《禦覽》卷九九三，引《吳氏本草經》，轉引《桐君》）。
2、《醫心方》引《小品方》，轉引《桐君》：《醫心方》是公元984年（日本永觀二年）日本醫家丹波康賴集撰中國唐代以前多種古醫籍原文的著作。此書卷十六引錄有晉代陳延之《小品方》之文，其中有轉引自《桐君》的佚文1條，所記為醫方。
3、《證類本草》引《本草經集註》，轉引《桐君》：《證類本草》的全稱是《經史證類備急本草》，為1098年（北宋元符元年）唐慎微撰，其傳世本又有《大觀本草》及《政和本草》的各類刊本。在其所收載的各藥物項下引用了南北朝時期陶弘景《本草經集註》的註文，在此註文中有引用《桐君采藥錄》（原文有《藥錄》、《桐君錄》、《桐君藥錄》三種簡稱）的藥物，佚文有以下幾種。
天門冬（引《桐君藥錄》，見《證類本草》卷六）、續斷（引《桐君藥錄》，見《證類本草》卷七）、芎（艹窮）（引《桐君藥錄》，見《證類本草》卷八“槁本”條）、水萍（引《藥錄》，見《證類本草》卷九）、苦菜（引《桐君錄》，見《證類本草》卷二十七）、占斯（引《桐君錄》，見《證類本草》卷三十）。
4、《證類本草》引《嘉祐本草》，轉引《吳氏》，再引《桐君》：《嘉祐本草》的全稱是《嘉祐補註神農本草》，為1057年（北宋嘉祐二年）掌禹錫等人所撰。原書已佚，其佚文被保存於《證類本草》各藥條下的註文中，並在此書註文前面冠以“臣禹錫等謹按”數字，以示與其他註文出處的區別。屬於這類的《桐君》佚文有以下諸藥。
鐘乳（即石鐘乳”）、石膽、青符、白符、黑符（此三藥均“五色石脂”之壹，見“黑石脂”條下，以上各藥佚文均見《證類》卷三，《嘉祐》註文引《吳氏》轉引“桐君”），陽起石（佚文見《證類》卷四），白礜石（即礜石，佚文見《證類》卷五），麥門冬、署預（即薯蕷，或山藥）、細辛、卷柏（以上各藥佚文均見《證類》卷六），當歸、芍藥、知母、狗脊（以上各藥佚文均見《證類》卷八），澤蘭（佚文見《證類》卷九），烏頭、烏喙、虎掌（以上各藥佚文均見《證類》卷十），雷丸（佚文見《證類》卷十四）。
綜括以上現存各種有關古籍中所引錄的《桐君采藥錄》佚文的範圍與數量來看，顯然僅屬原書全部內容的極少壹部分。但從壹個側面反映出此書對於推動古代早期醫藥學的發展有相當重要的作用。
5、《醫談抄》及《醫家千字文》引《桐君錄》：此二書分別系日本惟宗具俊（約1284年）及惟宗時俊（1293年）所撰寫，引用《桐君錄》佚文的內容大同，其內容系記錄神農氏鞭藥故事。