根據有害生物的發生、棲息和活動特點，直接用人工或簡單的器械進行捕殺防除，這種方法在公元前的中國古籍中已有記載（見中國古代作物害蟲防治）。由於人工防除簡便易行，且成本低，拉網防治小麥吸漿蟲，用膠箱粘殺黃條跳甲，用各種捕鼠夾、籠壓板、膠物以至弓箭等捕殺害鼠，結合田間管理鏟除雜草，拔除病株和摘除受病蟲為害的果實等，至今仍多沿用。對於群集性害蟲,在發生數量極大時,采用藥劑防治輔以人工捕打，可迅速撲滅其為害。對於壹些有假死習性的害蟲如金龜子等，采用打落或震落捕殺是常用的輔助性措施。根據有害生物對棲息潛藏和越冬場所的選擇性，可用人工方法創造適宜的條件進行誘集，稱為潛所誘集。如對梨小食心蟲、梨星毛蟲等可於越冬前在樹幹上束草誘殺。根據有害生物的活動規律，還可人為地設置障礙物以阻止其擴散為害，或直接消滅。如將蘋果果實套袋，以防食止心蟲在果實上產卵；在樹幹上捆綁塑料薄膜，以阻止棗尺蠖雌成蟲爬行上樹與雄成蟲交尾產卵；對貯糧害蟲中有些喜在糧堆表層活動的麥蛾等害蟲可在糧堆表層壓蓋異種糧（如在禾谷類上蓋豆類），可阻止其產卵；采用多層抗蟲糧袋包裝糧食，可阻止害蟲侵入袋內和袋內害蟲向外擴散等。小麥、水稻種子播種前可用10%石灰水處理，造成水面與空氣隔絕的條件,也可用真空泵抽氣,使種子通過無氧呼吸而殺滅病原物。對種子或糧食內已有的害蟲、雜草種子等，還可根據其與種子、糧粒等的體形、比重差異，采用車扇、溜篩或汰除機等器械經篩選分離後集中處理。精選種子則可用鹽水、泥水選種法，使病、蟲、雜草種子等與健康種子分離。此外，還可使用離心撞擊機，通過高速旋轉將害蟲分出並機械撞擊致死。物理和機械的防治方法效果穩定、迅速、明顯。但除人工和使用器械、機具捕殺以及自然界物理因子如高、低溫等的利用較簡便易行外，尚存在效果或應用上的局限性，有的技術手段還未完全成熟。因此需要和其他類別的防治方法綜合運用，並隨著近代生物物理學、分子遺傳學、電子計算機技術和有關設備裝置的不斷發展而進壹步完善。