這次攻陷桂林的是清定南玉王孔有德，是降清的漢奸,原大明登州守將。他壹心想收降式耜瞿式耜，那年正月，曾寫信勸降。程式耜“焚書斬使”，作了明確答復。這次聽到式耜被俘，很高興，看到瞿式耜進來，贊嘆著說：“妳是瞿閣部嗎?好閣部!”式耜笑笑說：“妳是王子嗎?好王子!”這是有意嘲諷他降清接受定商玉封號。孔有德還是和顏悅色的勸降，反復引譬，都被式耜嚴詞拒絕。孔不認識張同敞，要他跪。同敞不跪，反而揭孔的老底，破口大罵。孔惱羞成怒，打同敞耳光；手下的衛士，有的撳同敞頸椎骨，要他低頭；有的用刀背敲同敞膝骨，要他下跪。臂骨被打折，壹只眼睛被打瞎。式耜看到這種暴行，遏制不住心頭憤怒，挺身遮住同敞大聲說“這是總督張同敞，是國家大臣，他和我壹樣抱定為國犧牲的決心，要死，我們壹起死，不得無禮!”孔有德知道壹時無法勸說，命令把兩人囚禁在風洞山（今稱疊彩山）臨時監獄裏。 瞿式耜在囚室裏，孔有德仍然不止壹次地派人勸降，都被拒絕。他寫了不少詩，突出地反映了堅貞不屈的民族氣節以及忠貞不渝，為國獻身的精神，與同敞唱和，有名的《浩氣吟》，就是在這種情況下寫成的。在詩裏，他把自己比做漢朝時身陷匈奴，冰天雪地中苦熬十九年而不屈的蘇武，比做南宋末年支撐半壁江山，抗擊元朝軍隊，終於力盡被俘、殺身成仁的文天祥。他把自己生死置之度外，卻念念不忘國家的抗清大業。他寫了壹封密信給焦璉，告訴他清兵在桂林的虛實情況，要他迅速襲擊桂林。恐怕因自己囚禁而焦璉有所顧慮，又叮囑說：“事關中興大計，不要考慮我個人得失。”這封信被巡邏兵搜獲，獻給孔有德，孔知道無法改變他報國的決心了。
閏十壹月十七日上午，幾個清兵，到囚室來要他們出去。式耜看到這情況， 瞿式耜墓心裏明白，面不改色，寫下壹首絕命詩，連同《浩氣吟》詩稿放在矮桌上，從容走出獄門。遇到張同敞，同敞說：“今天出去，真痛快！死得好!”兩人視死如歸的英雄氣概，連清兵也感動得流下淚來。兩人在仙鶴巖（風洞山南），慷既就義。
式耜殉國後，永歷朝給謚“文忠”。永歷六年（1652年）七月，聯明抗清的原農民軍將領李定國收復桂林，要為瞿式耜立祠紀念，並召見其孫瞿昌文，支持昌文為祖父歸葬故鄉虞山拂水巖牛窩潭。康熙十八年（1679年），遷葬於虞山拂水巖牛窩潭。乾隆四十壹年（1776年），追謚“忠宣”。
瞿式耜著有詩文十卷，道光十五年（1835年）有木刻本 《瞿忠宣公集》。1981年，上海古籍出版社增補校訂出版改稱，《瞿式耜集》。1986年出版的《中國大百科全書·中國文學》有“瞿式耜”專條，稱贊他的詩作，“充滿著激越的愛國熱情”，中國文學史把式耜列入愛國詩人行列。