宋代醫學發達的另壹個重要特征是中醫分科日益精細。中醫分科唐代分為醫科、針灸科、按摩科、咒禁科四科，宋代則有大方脈科、風科、針灸科、小方脈科、眼科、產科、口齒咽喉科、瘡腫兼折瘍科、金鏃書禁科九科，比唐代增加壹倍以上。其中婦產科和小兒科在宋代極為發達，並取得了卓著的成就。
宋代太醫局中設有產科壹門，負責訓練培養專門人才。當時曾出現了不少著名的產科醫師和名著，其中陳自明的《婦人大全良方》是我國現存古代最系統的婦產科專著。《婦人大全良方》成書於南宋嘉熙元年（1237），全書分為婦科三門、產科五門，詳細論述了婦產科的生理、病理、病癥及其診斷和治療的方法。由於陳自明的這壹貢獻，中醫婦產科從此逐漸成為壹門獨立的學科，為以後婦產科的發展奠定了良好的基礎。
宋代小兒醫學也相當發達，當時的兒科專家以錢乙最著名，他不但醫術精湛，並著有《傷寒論指南》五卷、《嬰孺論》百篇、《小兒方》八卷，只可惜早已失傳。現存《小兒藥證直訣》（又名《小兒藥證真訣》）是與錢乙同時而略晚的閻季忠將錢乙有關小兒方論、醫案收集起來加以整理而成的兒科專著。書中對小兒各種疾病的診斷和治療創立了壹整套獨特的方法，對當時和後世的兒科醫學產生過很大影響。《四庫全書總目要》給予了高度評價：“小兒經方，於古罕見。自（錢）乙始別為專門，而其書亦為幼科之鼻祖。後人得其緒論，往往有回生之功。”