新修本草原指文獻的三部分，即本草、藥圖、插圖。據大多數文獻記載，上述三部分共有54卷；本草二十卷，本草目錄壹卷，草藥圖二十五卷，草藥圖目錄壹卷，地圖集七卷。《本草》講的是藥物的性質、味道、來源、炮制、功能和主治，而《草藥圖》是對草藥圖的描述性文字。土井和堯土早就失傳了，考不上了。只是這部分《本草》在宋代以後就不再流傳，現在只有零碎的卷本，但其大部分內容仍留存在後人的《本草》中，至今仍為人們所重視。所以我們現在說的新修訂的本草，簡單來說就是指這部分的本草。
新修訂的《本草》共收藥850種，比《本草註》多114種。詳細介紹了每味藥的性味、來源、采集、功能和主治。在編譯流派上有所創新。為了便於正確識別草藥和藥物，除了用文字描述的傳統本草外，還首創了詳細的繪畫《草藥圖》，並用《圖經》加以說明，約占全書篇幅的三分之二。
《新修本草》是以政府名義編纂的藥典，是壹部承前啟後的巨著。這本書的完成標誌著中國藥理學的進壹步發展。