馮從吾居家從事學術著述的同時，也十分熱衷於講學。為了宣傳他的學術觀點和政治主張，借用西安城南門裏的寶慶寺（今西安書院門小學）作為講學場所。 馮從吾的追隨者很多，不久，聽眾竟達幾千人，連明王朝的陜西地方官也來聽講。時人評其曰：出則真禦史，直聲震天下；退則名大儒，書懷壹瓣香。
寶慶寺地窄房小，難以做講學施教長久之地。萬歷三十七年（1609），陜西布政使汪可受、按察使李天麟等遵從馮從吾的意願，在寶慶寺東側小悉（西）園撥地，籌建關中書院。
關中書院初期占地數十畝，核心建築為“允執堂”，進出六間，空間宏闊；青瓦紅柱，肅穆莊嚴，是講學集會之所，其名取自《中庸》“允執厥中”之句。繞堂左右各築大屋（教室）四楹，東西號房（宿舍）各六楹。堂前辟有半畝方塘，豎亭其中，砌石為橋；堂後置壹假山，名曰“小華嶽”。又栽槐、松、柏、梅各種名木，壹時松風朗月，槐香荷語，“煥然成壹大觀”。三年後，新任布政使汪道亨於書院後部又建“斯道中天閣”，以祀孔子，收藏儒家經典。後世經不斷修葺擴建，到晚清已具相當規模，成為西北地區最大的壹座高等級學府。
關學自張載於北宋初始創，後因朱子學興起，迄南宋及金元日趨消沈，然至明代，因有呂涇野（木冉）諸君重振之功，關學遂有勃興，至晚明由馮從吾而總其成，從吾遂為涇野之後關中之第壹人。李二曲說：“關學壹派，張子開先，涇野接武，至先生（少墟）而集其成，宗風賴以大振。”（《答董郡伯》，載《二曲集》卷17，中華書局1996年版）故研究明代關學，馮從吾之思想是不能繞過的。然“以禮教為本”和崇尚氣學的張載關學，其學脈在張載卒後則幾經變化，先有諸呂卒業於二程門下，後“關中人士”亦“多及程子之門”；繼有朱子學之北傳，北方有許魯齋衍朱子之緒，關中學人如高陵諸儒“與相唱和，皆朱子學也”；至明代，陽明學崛起東南，渭南南元善傳其說，此為關中有王學之始。經數十年之傳播，“王學特盛”，如呂涇野從學於湛甘泉，切琢於王門弟子鄒東廓（守益），足見關中士人多向心學。從吾受學於許孚遠（敬艹奄），受其影響既主“格物”，又信“良知”，遂能“統程、朱、陸、王而壹之”（以上見《柏景偉小識》，載《關學續編》），走出自己的學術之路。黃宗羲將馮列於“甘泉學案”，但其由張載所開躬行實踐、崇尚氣節的關學宗風則在從吾身上有著深刻的印跡。從吾所面對的是晚明王學空疏學風日漸泛濫的學術局面，遂能以救時弊為己任，且形成自己獨立的學術風格，並開明末西部學術向實學轉向之先。
壹、“敦本尚實”，斥浮虛以倡實學
明代中葉，心學極盛。然言心學者，浙東壹系，以王龍溪為代表，倡先天正心說，力闡良知現成，因其重本體而略工夫，遂漸蹈於“猖狂無忌憚”之浮虛壹偏；江右壹系，以鄒守益、羅洪先等為代表，糾正龍溪之偏，主體用不二，遂以歸寂主靜之修養功夫補其說。至晚明，王學末流直向猖狂無忌憚壹路發展，使朱子格物窮理之學日漸遮蔽。於是有顧憲成、高攀龍等東林壹系，反對陽明後學只在先天良知上用力，背離王門篤實功夫的傾向，於是起而調合朱、王，兼重先天良知與後天功夫，以正明末學術之失。馮從吾與東林學派處同壹時代、同壹學術背景，有著***通的問題意識，於是，他以弘揚“聖學”為己任，自覺地擔當起挽救學術之偏的時代責任，成為晚明中國西部“痛懲末世廢修言悟，課虛妨實之病”（姜仲文《少虛集序》）的代表。《行實》稱其學“壹稟孔孟心性為本體，以誠敬為功夫，以萬物壹體為度量，以從心所欲不逾矩為極則”，此壹評論可大略標示出馮氏合程朱陸王為壹的學術方向和反對“廢修言悟，課虛妨實”的實學旨趣。從吾為關中書院所書“允執堂屏”謂：
“綱常倫理要盡道，天地萬物要壹體，仕止久速要當可，喜怒哀樂要中節，辭受取與要不茍，視聽言動要合禮。存此謂之道心，悖此謂之人心。惟精，精此者也；惟壹，壹此者也。此之謂允執厥中，此之謂盡性至命之實學。”（《行實》）
此段文字所貫穿的對本體與功夫、修與悟、價值與境界、道體與禮法之體用壹如、相融不二關系的理解以及“盡性至命”的道德取向，是把握其哲學思想和實學學風之關鍵。從中可看出他以朱子格物致知之工夫彌補王學末流忽略工夫而純任本體的致思方向。
從吾如東林學者壹樣，痛切地指出王學末流墮於猖狂無忌憚之偏，同時也指出其弱於本體而泛論工夫之失，他說：
“近世學者，多馳騖於虛見，而概以規矩準繩為循跡，其弊使人猖狂，自恣流於小人而無忌憚，此關系人心世道……”（卷15，《答逯確齋給事》）
“世之學者，止知本體之壹物不容，而不知本體之萬物皆備，此所以各墮於虛無之說，而無實地之可據，令人猖狂而自恣也。”（卷12，《關中書院語錄》）
“近世學者，病支離者什壹，病猖狂者什九”（卷15，《答楊原忠運長》）
從吾認為，當時學者或只重工夫不論本體，而陷於支離；或懸空談本體不著修養工夫，遂陷於“猖狂”，其源蓋“起於本體工夫，辨之不甚清楚”，他強調本體要與工夫合，本體即工夫，工夫即本體，相反，“若論工夫而不合本體，則泛然用功，必失之支離纏繞；論本體而不論工夫，則懸空談體，必失之捷徑猖狂。”（《論學書》，見《明儒學案·甘泉學案》）此說拈出陽明後學純任本體而忽略工夫之空疏病根，遂將朱子學的“格物窮理”與陽明的“致良知”結合起來，認為“吾儒之學，以至善為本體，以知止為工夫，……必格物而後能知止也。”如果棄格物於不顧，而“別求知止之方，此異端懸空頓悟之學，非吾儒之旨也”（同上）。以朱子“格物”以矯正陽明後學之先天良知說，是晚明學風由虛而返實之動向在從吾身上之體現。高攀龍評價說：“修而不悟者，徇末而迷本；悟而不徹者，認物以為則。故善言工夫者，惟恐言本體者之妨其修；善言本體者，惟恐言工夫者之妨其悟，不知欲修者正須求本體，欲悟者正須求之工夫。無本體無工夫，無工夫無本體也。仲好之《集》，至明至備，至正至中”，此正是從吾“《集》中示人最切者”。（《馮少墟集序》）
當時學風浮虛的又壹表現，是不事講學，或雖講學卻是“講非學之言”。所謂“非學之言”，即或“談玄說空”之言，或不能“收心靜養”，未能絕“壹切聲色貨利”之言，或“看書作文時務”，不能在“潛心體驗”處“發揮道理”之言，或不能絕“奔競營為之念”，只馳逐功利，而未守“恬淡”之言，或似是而非之言等等，其核心是“非吾儒進德修業之學”（見卷11，《池陽語錄》）之言。“非學之言”正是從吾對當時講學風氣的概括。從吾將矯正此壹學術風氣視為自己的學術責任，他說：“戰國時，楊墨之言盈天下，得孟子辭而辟之；從漢至宋，佛老之言盈天下，得程朱辭而辟之；至於今日，非學之言盈天下，倘有辭而辟之如孟子、程朱其人乎？余竊願為之執鞭。”（卷7，《寶慶語錄》）並發出“吾儒之道，何時而明，天下之弊，何時而已”的慨嘆！（卷3，《疑思錄》）為了不至於“以學術殺天下後世”，從吾認為還應從講學開始。他曾引呂涇野所說“學不講不明”，以及鄒東廓所謂“學之不講，聖門所憂”的話來強調講學的重要性，並指出講學應“以修德為下手處”（卷6，《學會約》），“格物即是講學，不可談玄說空。”（《明儒學案·甘泉學案》之《疑思錄》）當時有些學者常講玄虛，而不尚躬行，有人懷疑講學能否醫治此病，從吾說，“藥玄虛之病者，在躬行二字，既學者多講玄虛，正當講躬行以藥之可也。而反雲學不必講，何哉？”並指出此說是在“左袒玄虛之說而阻人之辨者也。”（卷7，《寶慶語錄》）
為了端正學術風氣，從吾先從正鄉學開始。丙申歲（萬歷二十四年）秋，從吾與諸君子立會講學於長安寶慶寺，制訂了後來在關中影響深遠的《學會約》。翌年十二月(1597)，從吾又主持制訂了《關中士夫會約》。值得註意的是，在《學會約》中不僅明確規定了“其言當以綱常倫理為主”的講學內容，並特別提出了樹立“崇真尚簡為主，務戒空譚，敦實行”的實學學風的問題。所謂“空譚”，在從吾看來，“談空論無”者為空譚，雖言但“不躬行”者亦為空譚；好議他人而自己不實行者為空譚，“好對人誇自家”但自己又“不躬行者”亦為空譚。“敦實行”，方可“戒空譚”。所以從吾講學，總是“以躬行相勸勉”，並發出“嗚呼！為學不在多言，顧力行耳”的呼喚。（卷5，《學會約·附答問二則》）從吾強調：“學者須要腳根踏得定，徹頭徹尾，才得有成。”（卷11，《池陽語錄》）戒虛華，不浮躁，戒空譚，敦實行，是從吾《學會約》中最切實處，他自己亦能以身作則。故王心敬說：“其於壹切翰苑浮華徵逐，概謝絕不為。”（《關學續編·少墟先生》）
當時壹些學者流於“空譚”而不“實行”，還有壹個原因，這就是學問常常不得要領，不能抓住根本，陷於支離。從吾認為這亦與不能“敦本”的學風有關。他認為“本體源頭處壹不清楚，此所以後來流弊無窮”（卷11，《池陽語錄》），所以關鍵是要追“聖學之本”，探“聖學之源”。他強調“學問之道，全要在本原處透徹，未發處得力。則發皆中節，取之左右，自逢其原，諸凡事為，自是停當；不然，縱事事點檢，終有不湊泊處，此吾儒提綱挈領之學”（《明儒學案·甘泉學案五》)。從吾認為此“本”不是別的，應該是理學。時關中有所謂“四絕”的說法，即王端毅之“事功”，楊斛山之“節義”，呂涇野之“理學”，李空同之“文章”。從吾惟認為“理學”為根本，說“夫事功、節義、理學、文章，雖君子所並重，然三者皆其作用，理學則其根本也。根本處得力，其作用自別。”（卷16，《渭濱別言贈畢東郊侍郎》）然理學之“本”又是什麽？按從吾的理解，就是“以心性為本體，以學問為功夫”。所以他總是抓住孟子的“善”、《中庸》的“誠”“未發”、程朱的“理”、陽明的“良知”等核心概念，力加琢磨。在從吾看來，“聖賢學問總在心上用功，不然即終日孳孳，屬枝葉耳。”（李維貞《辨學錄序》）如孟子所說“先立乎其大者”，即應先在本體上用功，不在末事上務求。他說“若丟過此心，不去‘精壹’，而徒欲喜怒哀樂中節，視聽言動合禮，此真舍本而務末。”（卷12，《關中書院語錄》）不可避免要陷入佛老異端“懸空之學”。總之，“敦本”才不至於“務末”，從而方見提綱挈領之功；“尚實”才不至於“懸空”，從而與佛老之玄虛立異，使“吾儒修德之學”見諸實效。可見，從吾雖服膺心學，但與王學末流大為不同。後者“逐末而迷本”，從吾則主體用壹如，本末不二。
二、學“有主”、貴“自得”，方能“深造以道”
從吾曾做過侍禦史，後辭官在家，閉關九年，足不出戶，精思力踐。講學二十余年，終有所悟。他認為“近世學者”所以混佛老與儒於壹塗，因“多馳騖於虛見”，陷於“空虛”，墜於“猖狂”，或“逐末而迷本”，陷於“支離”，或以“似是而非”之論亂人之心，或人雲亦雲等等，其源蓋起於本原處不明。而本原不明，又與學無自主、不貴“自得”、不勇於“造道”的虛浮風氣有關。反對“空虛”和“支離”，強調“自得”、“造道”，是從吾最用力處。
首先，從吾強調學貴“有主”。他說：“學問功夫全要曉得頭腦主意”（卷12，《關中書院語錄》）。所謂有“主意”，壹是要有“主見”，即在對學術對象全面深入了解並融會貫通基礎上，壹旦形成某種自認為正確的理解或認識，就要堅持主見，壹般不為外在的因素所左右。正如洪翼聖評價從吾《善利圖》時說：“學問最患不痛不癢，兩頭牽制”，而從吾“學問則壹切兩斷，切骨入髓”（卷8，《善利圖說序》之《附柬》）；二是要知“本”，“本”不明而徒用功夫，則終無所成，從吾說“學問曉得主意，才好用功夫。……不曉得主意，則功夫亦徒用矣。此空虛之學與支離之學，皆聖道不載也。”（卷12，《關中書院語錄》）學“有主”，方可杜心學末流之“空疏”，絕徒用功夫之“支離”；三是學問要明確“宗旨”，抓住核心，如從吾多次告誡諸生，應明吾儒之學“宗旨”，以“心性為本”，而心性之學，又以“誠敬”為本，而最終則歸於性體之“至善”。故畢懋康說：“竊觀先生學貴有主，不貳以二，不參以三，用貴實踐，摻貴敕，不為虛，恢偷縱者所借，托夫有主，則歷千變而不惑，實踐則究必到而不可欺。”（《馮少墟集序》）相對於張載“學凡數變”、陽明“悔二十年錯用其心”來說，從吾確有過人之處。楊鶴在《辨學錄序》中說：“先生清明在躬，誌氣如神，然終日正襟危坐，儼乎若思，應事接物，如執玉如捧盈，此心未嘗壹刻放下，先生有主之學於是可見。昔橫渠學凡數變，陽明亦悔二十年錯用其心，先生過人遠矣。”
其次，學“有主”，是建立在“自得”和“深於造道”基礎上的。強調學“有主”不是要固執己見，而是通過“自得”而“造道”。其實張載學凡數變，陽明悔“二十年錯用其心”，也是學術“有主”的另壹種表現，若“無主”，則只能人雲亦雲矣，無所謂修正和悔悟自己。問題在於，從吾始終將“有主”作為自己學術的自覺意識。“自得”是從吾在對孟子思想發揮的基礎上，針對當時學風之弊而提出來的。孟子說：“君子深造之以道，欲其自得之也。”（《孟子·離婁下》）此“自得”，是指經過自己深入學習理解所得的獨到體悟。從吾認為，如果“厭深造以道、博學詳說之功”，是決不能有所“自得”的。“造道”是學術的靈魂，“自得”是學術的境界，“學不到自得，終是支離，終不能取之左右逢其原。”（卷12，《關中書院語錄》）關於“自得”、“有主”與“造道”的關系，從吾說：“學問功夫全要曉得頭腦主意，深造以道，主意全為自得。博學詳說，主意全為反約。博學詳說，正是解深造以道，反約正是解自得，以自得為主意，以深造以道為功夫，以左右逢源為自得之妙，此孟子生平學問大得力處。”（卷12，《關中書院語錄》）即“深造以道”要在“博學詳說”基礎上“反約”，而“反約”才會有“自得”，“自得”方可有“主意”，故曰“主意全在自得”。亦即有“自得”之處，方達“造道”之時。從吾所以能自成壹家，在於他能處理好博與約的關系，所以才能在許多問題上有“自得”之處。他對壹些人不能“詳博”而動輒要“自成壹家”的浮躁風氣提出了批評，並說“論學譬如為文，必融會貫通乎百家，然後能自成壹家。若只守定壹家，恐孤陋不能成家矣。”（卷七，《寶慶語錄》）然博學還須反約。從吾對歷史上儒學家思想的理解，皆能由博而約，抓住要領，如他認為孔門標壹“仁”字，孟子標以“仁義”，曾子標以“慎獨”，子思標以“未發”，宋代諸儒標“天理”二字，朱熹標“主敬窮理”，陽明標“致良知”等等，但從道體來說，這些都是相通的：“論道體，則千古之門戶無二論”（參見卷7，《寶慶語錄》），直將儒家壹以貫之的道體壹語道破，沒有博學反約之功是難以達到的。因其由“自得”而學“有主”，故其講學“不立異，亦不蹈常，不事玄虛，亦不涉卑近，要以抒所自得，敷明宗旨，說詳反約”（卷8，《善利圖說》）。例如，他推崇陽明“致良知”說，乃出於“自得”，他又批評陽明“無善無惡性之體”，也是出於“自得”。他指出，“致良知”壹說肯定了本體之“至善”，而“無善無惡”之說則從本體上否定“善”，二者相矛盾。“既知知惡是良知，可見有善無惡是心之體。今曰‘無善無惡心之體’，亦可曰‘無良無不良，心之體’邪？”（卷16，《雜著·別李子高言》）
辨“無善無惡”心體之非，是當時學界的熱門話題，東林顧憲成、高攀龍曾拒之不遺余力。從吾所辨，抓其性體“至善”這壹核心立論，決非人雲亦雲。他在時儒熱烈討論的“先天”與“後天”、“未發”與“已發”以及孔門“從心所欲不逾矩”等諸多理論問題上，皆有自得之處，特別是其所著《善利圖說》，以善、利分殊聖凡，乃發前人所未發。蓋因其學有自得，其講學多“率出己意”，故頗為諸生推崇，認為是橫渠、涇野諸夫子之後“壹人而已”（崔鳳翥《恭定馮少墟先生傳》）。
三、崇正辟邪，力變風氣
對於學問，不為異端邪說所迫挾，敢於堅持正義正見，是每壹位學者應有的學術良心；面對不良的學風、士風、鄉風，敢於抵禦與抗爭，是每壹位學者應有的道德責任。可以說，在這方面從吾勘為晚明關中之楷模，極有功於“聖學”。故《行實》謂：“崇正辟邪，秦風丕變，海內道學壹振”。
“崇正辟邪”是從吾在道德責任心趨使下認定的學術態度。他在為自己所作的《自贊》中，明確表白“佛老是距，鄒魯吾師。”可見，其所崇之“正”，其核心是“以心性為本體，以誠敬為功夫”的“孔曾思孟、周程張朱”之儒學。所辟之“邪”，有“二氏”異端之說，有時儒“淪於空談說寂”之“流弊”，有學界不端之風氣等，“其於巖端是非之界，則辨之不遺余力。”（王心敬：《關學續編·少墟馮先生》）然此並非從吾“好辨”，實出於“不得已”。在當時“淫辭邪說，熒惑天下”的情況下，從吾“欲正人心”，必須“就其蔽錮關切之所在而剖決挽回之”（李維貞《辨學錄序》）。其所著《辨學錄》，所辨多為儒學與釋道之異，其目的在於明“吾儒之正傳”，故能對“凡世儒所易惑處，輒為道破”，更不至於使“佛氏之流弊”以“塞其源”（塗宗睿《辨學錄序》）。值得註意的是，“力辟二氏”雖然是自張載以來宋代關學乃至理學學者的***同所向，然張載所破斥者乃佛氏“以心法起滅天地”、“以山河大地為見病”之“虛無”說，以確立“太虛即氣”的宇宙本體論。從吾所距斥者，則是佛氏的心性論。他認為，當時人心種種之迷惑，“皆起於學之不明，學之不明，起於心性之不明”。王陽明認為儒與“二氏”並無“二見”，“二氏之用皆我之用”，“聖人與天地民物同體，儒佛老莊皆吾之用。”（《年譜》，載《王陽明全集》，上海古籍出版社1992年版，第1289頁）遂在心性問題上，認為禪之“明心見性”與儒之“盡性至命”相通。其後學如王龍溪則徑任先天本體，而略於後天省察克己之功，使王學日漸流於空疏，這也許是從吾於晚明力辨佛儒的重要原因之壹。他多處提到陽明謂“釋氏與吾儒只是毫厘之隔”，他則獨辨其宗旨決然不同，如說“吾儒之學以理為宗，佛氏之學，以了生死為宗”；儒之“盡心知性”與釋氏“明心見性”，二者“若相同而實相遠”（楊鶴《辨學錄序》），釋氏之蔽正在於未明“善”之本源為“理”；“吾儒”所謂“直指人心”，是指的“惟微”之“道心”，佛所謂“直指人心”指的是“惟危”的“人心”；“吾儒”所謂“見性”，是見本體之“善”性，佛氏所謂“見性”，見的是“氣質之性”。此說雖不壹定正確，但其目的是明確的，即要通過辨佛、儒之異，來探尋王學末流空疏學風之思想根源。他多次論本體與功夫相即不離，批評時儒“空虛之學”，顯然有學風上的針對性。
“崇儉德以敦素風”，也是從吾所致力的重要方面，故他嘗把講學與端正士風民俗聯系起來，多為秦地士風之日下而慨嘆。其與學風相關的鄉風之最典型者，如相互“爭譏”、“詆毀”，不能“成人之美”；“怕人責備”，是非不分，不能堅持正義；喜議論他人之非；討論學術，或自以為是，或自足自滿，或不能“虛己下人”，“過於激辨”等等。對於秦人不能成人之美之俗，從吾深有感觸，他說：“世間最有功德事，莫大於成人之美。南人每見人行壹好事，大家必稱贊之，羽翼之務底於成。秦俗則爭譏笑之詆毀之務，底於敗，如此則師復受其益，而弟子多受其損。”師弟之間，要相互尊重，成人之美，而不要相互詆毀，否則只能兩敗俱傷。從吾還舉壹例來說明：“王陽明、呂涇野皆我明之真儒也。陽明門人幾半海內，而涇野則否。雖於二公無損，卻於關輔無光。”（《續集》卷二，《正俗俗言》）馮公深為秦地此種士風之弊所患，遂在《關中士夫會約》中規定，“彼此爭構，吾輩所無儻。萬壹有之，大家務要盡心勸和，勿令因小忿以傷大體。”並希望大家“出入相友，守望相助，疾病相扶”，以形成良好的士風鄉俗。從吾特別厭惡士人中的鄉願之氣，如對於“敬”、“肆”之是非不敢堅持，就是壹例：“秦俗明知敬之是，而百方嫉忌之，百方吹求之，使敬者必至於無所容。明知肆之非，而百方狎溺之，百方左袒之，使肆者益，至於無忌憚……”（卷2，《正俗俗言》）不敢堅持真理和正義，是非不分，造成的結果只能是敬者“無所容”，肆者“無忌憚”，風氣每況愈下，此風“秦俗尤甚”。在對待學界友人的過失上，從吾又能采取寬容的態度，他說“人非聖賢，孰能無過”，如對待君子、小人的態度和方法，主張要因不同情況而異：“論交與，當親君子而遠小人；論度量，當敬君子而容小人；論學術，當法君子而化小人。”（卷11，《池陽語錄》）他最反對不負責任的背後議論：“余每見朋友中背後多議人過失，當面反不肯盡言”，他認為“此非獨朋友之過，或亦彼此，未嘗開心見誠”。於是他在《學會約》中，以“過失相規”四字相約。對於論辯，從吾強調“務要平心易氣，虛己下人。即有不合，亦當再加詳玩，不可自以為是，過於激辨。”而“以自是為自信，主意壹定，無復商量”，此“近世學者多坐此病”，從吾告誡“吾輩當***戒之”。（《學會約》）正如陳繼儒所說：“凡向來講學之流弊，士大夫積習之膏盲，悉從公道眼覷破，親手拈出病根，已凈然後與之梁肉。”（《馮少墟先生集敘》）
此外，提倡“崇真尚簡”也是從吾力變風氣的壹個重要方面。《學會約》規定“會中壹切交際，俱當謝絕，此正崇真尚簡處”，即要求學者正常的交往應該是純真的、樸實的而非飾偽造作的，此即“崇真”；杜絕種種奢靡之舉和交往中的種種繁冗禮俗，此即“尚簡”。所訂《關中士夫會約》中所列諸條，多是對交往之禮節加以限定或重審，其中大都樸實無華，切實可行。其字裏行間流露著從吾對那種非出於自然真情的飾偽、矯柔造作之風的切膚之痛。該《約》後來“傳之四海，慕為盛舉”，故此《約》出十余年後，周司農在《關中會約述》壹文中評論說，此約“皆萃渙之良箴，而協德之寶訓也。蓋崇儉德以敦素風，酌往來以通交際，嚴稱謂以尊古誼，絕告訐以警薄俗，周窮約以厚廉靖，教後裔以慰先德。敦本尚實之念，維風善俗之規，溢於言表。”“崇儉敦素”、“敦本尚實”、“維風善俗”，為從吾針對晚明虛浮風氣所提出的補偏救弊之方，也是其所倡實學學風的重要體現。
四、踐履嚴明，不易節操
躬行實踐，崇尚氣節，是關學的宗風。劉學智：《躬行禮教，崇尚氣節 ——從關中三李談起》 ，載《陜西師大繼續教育學報》2001年第1期。馮從吾承繼張載關學躬行實踐、經世致用之傳統，“以出處辭受壹介不易為風節”。從吾嘗謂“為學不在多言，顧力行如何耳”（《學會約·附答問二則》），如果“能言而行不逮，此正學之所禁也。”（卷十四，《講學說》）其所說“躬行”，既指對國計民生要關切，又指道德踐履要篤實，同時包括做人要有不易之節操，從中可看出從吾的精神氣質和人格境界。
從吾“生平所學，惟毋自欺，實踐妙悟，卓有深識。誠不忍人心世道之江河，慨然以興起挽回為己任。”（《行實》）他曾借批評楊朱“無君”、“為我”，說：“丟過親與民物而只為我，視天下國家大事與我不相幹，成何世界？故曰‘無君’。”（《善利圖說》）從吾亦以自己的行動實踐了這壹宗旨。明神宗時，朝講浸廢，“酒後數斃左右給侍”，從吾乃齋心草疏以諫，其中有“困曲蘗而歡飲長夜，娛窈窕而宴眠終日”等語，神宗震怒，傳旨廷杖。恰逢長秋節，為輔臣救免。此事使從吾聲震天下。（參見《關學續編》卷1，《少墟馮先生》）從吾目睹熹宗即位後之時局：“內則旱荒盜賊，連綿糾結”，士大人卻“日惟植利結黨為汲汲”；“外則遼左危急，禍且剝床及膚”，將帥則或棄城而遁，或“各自結黨，互相排陷，不知和衷***濟之道”。於是毅然“挺身而出，冀以直道大義挽回其間”。凡遇可說話的機會，他都能“明目張膽，糾彈不避，以壹身彰宇宙之公道”（同上），為了國家，不顧個人安危，真是光明磊落，大義凜然！在當時情況下，雖然他的呼喚是微弱的，但從吾仍在做不懈地努力，如曾與鄒南臯、鐘龍源等講學城隍廟，“欲借此聯絡正人同誌濟國也。”（同上）當有人懷疑其講學能否濟國之時，從吾愴然說：“正以國家多事，士大夫不知死，抱頭鼠竄者踵相接。宜喚起親上死長之心，講學何可置也。”（《行實》）故鄒南臯謂“馮子以學行其道者也。”（同上書）從從吾身上，我們不難看出壹脈相承之關學躬行實踐、經世致用的實學傳統和學風，亦可窺見從吾堅持正義、剛直不阿之節操。正如從吾自己所說：“學者須是有壹介不茍的節操，才得有萬仞壁立的氣象。”（卷三，《疑思錄》）陳繼儒評價說：從吾“終日講學，而若未嘗講學；終日聚徒，而若未嘗聚徒。不分門別戶，不插標樹羽，不走時局，不握朝權，不招射的，逍遙環墻之中，超然免於言論之外，非踐履嚴明，涵養精潔，何以有此！”（首卷，《馮少墟先生集敘》）確實，沒有嚴明的道德節操，沒有“精潔”的涵養功夫，是誠難達此學術境界的。總之，從馮從吾的學術之路，可以窺見晚明關學的實學特征以及中國學術向實學轉化的動向。