《黃帝內經》的著作時代，至今尚無定論。從其內容看，非壹人壹時之作，但壹般認為其主要內容是反映戰國時期醫學理論水平的，基本定稿時期應不晚於戰國時期。當然，其中有些內容可能出於秦漢及六朝人之手。
《黃帝內經》所引古代醫籍。有《上經》、《下經》、《揆度》、《陰陽》、《奇恒》、《經脈》《五色》、《脈經》等。說明在《內經》之前已有許多種醫書流傳於世。
經絡與針灸，在《黃帝內經》中，居於主體地位，繼承和發展了馬王堆帛書《足臂十壹脈灸經》、《陰陽十壹脈灸經》、《脈法》、《陰陽脈死侯》和張家山漢簡《脈書》，乃至扁鵲等的經絡學說和針刺治療經驗，在針刺治療上，不僅突破了上述帛簡醫書和《五十二病方》等只采取灸法的水平，同時也遠比《史記·扁鵲傳》記載的治療經驗更加具體和系統。在《黃帝內經》中，《靈樞》：經脈篇、經別、經筋，更加完整和系統地論述了經絡學；《靈樞》：九針十二原、九針論等篇，論述了針刺器材的制備；《素問》：氣穴、氣府、骨空、水熱穴等各篇，論述了腧穴分布；《靈樞》：九針十二原、邪客等各篇，論述了持針法則；《素問》：八正神明、離合真邪等各篇，論述了針刺的補瀉方法；《靈樞》：診要經終、禁例等各篇，論述了針刺禁忌等，以及各種疾病的針刺療法。
陰陽五行學說被引入醫學，最早是秦國醫和，馬王堆帛書《陰陽十壹脈灸經》中的“病至則惡人與火，聞木音則惕然驚”，也反映了五行學說的內容，這段文字後來載入《靈樞·經脈篇》，《素問·脈解篇》說：“所謂甚則厥，惡人與火，聞木音則惕然而驚者，陽氣與陰氣相薄，水火相惡，故惕然而驚也。”說明陰陽五行學說，已被引入醫學理論中。
《黃帝內經》撰成之初，在戰國時代可能為《黃帝脈書》、《扁鵲脈書》等20余種單行本。西漢後期，劉向、劉歆父子校書，始由李柱國等校定為《黃帝內經》十八卷。到東漢初班固撰《漢書》時，這些醫籍的傳本仍被完整保存，而載於《漢書·藝文誌》。東漢末張仲景撰《傷寒雜病論》、魏末皇甫謐撰《針灸甲乙經》時，《漢書·藝文誌》的十八卷本《黃帝內經》傳本即已不復存在，不僅被分割為《素問》、《九卷》或《針經》兩書，而且“亦有所亡失”。
1、《靈樞》，亦稱《九卷》、《針經》、《九靈》、《九墟》等。漢魏以後，由於長期抄傳出現多種不同名稱的傳本，唐·王冰所引用古本《針經》傳本佚文與古本《靈樞》傳本佚文基本相同，說明為壹***同的祖本，但與南宋史崧發現的《靈樞》傳本（即現存《靈樞》傳本）則不盡相同。史載北宋有高麗獻《針經》鏤版刊行，今無書可證。至南宋初期，《靈樞》和《針經》各種傳本均失傳。紹興二十五年（1155），史崧將其家藏《靈樞》九卷八十壹篇重新校正，擴展為二十四卷，附加音釋，鏤版刊行。至此，《靈樞》傳本基本定型，取代各種傳本，而壹再印行，流傳至今。
2、《素問》，在漢魂、六朝、隋唐各代皆有不同傳本。為張仲景、王叔和、孫思邈、王燾等在其著作中所引用。主要有：（1）齊梁間（公元6世紀）全元起註本，是最早的註本，但當時其中的第六卷已亡佚，實際只有八卷。這個傳本先後被唐·王冰、宋·林億等所引用，至南宋以後失傳。（2）唐、王冰註本，唐·寶應元年（762），王冰以全元起註本為底本註《素問》，將已亡佚的第七卷，以七篇“大論”補入，到北宋·嘉佑·治平（1057～1067）年間，設校正醫書局，林億等人在王冰註本的基礎上進行校勘，定名為《重廣補註黃帝內經素問》，雕版刊行，而定型。
《黃帝內經》的著成，標誌著中國醫學由經驗醫學上升為理論醫學的新階段。《黃帝內經》總結了戰國以前的醫學成就，並為戰國以後的中國醫學發展提供了理論指導。在整體觀、矛盾觀、經絡學、臟象學、病因病機學、養生和預防醫學以及診斷治療原則等各方面，都為中醫學奠定了理論基礎，具有深遠影響。歷代著名醫家在理論和實踐方面的創新和建樹，大多與《黃帝內經》有著密切的淵源關系。
《黃帝內經》的著成，不僅在中國受到歷代醫家的廣泛推崇，即使在國外的影響也不容低估。日本、朝鮮等國都曾把《黃帝內經》列為醫生必讀課本，而部分內容還先後被譯成英、法、德等國文字，在世界上流傳。近年來壹些歐美國家的針灸組織也把《黃帝內經》列為針灸師的必讀參考書。