藏書豐富，勤於寫作。阮元曾聘他為“京經精舍”老師，在以學識淵博著稱的中山書院講學。性喜集書，聽說人家有好秘籍，無虛日借。金石學拓片、古鼎藝書畫都考其出處。有平金堂、文字堂、孫氏祠堂、練士居等圖書館，藏書豐富，以校勘細致著稱。編纂了孫氏家庭圖書館目錄，該目錄由外3卷和內4卷組成。《石蓮居藏書記》卷1，《平金博物館藏圖書劄記》卷3，《續編》卷1，《補遺》卷1。嘉慶五年(1800)，《孫氏詞堂書目》分七卷出版。金石學的代表作《世界各地古跡參觀記》，卷12，成書於嘉慶七年。是壹部石刻文獻目錄，有多種石刻。書中按時代記載，從秦州到元代的石刻有8 000多種。每塊石刻都標明了作者、書法家和書法風格。編輯和印刷了許多文件。嘉慶刻本《戴南閣叢書》16種128卷，主要收集自《詩文總集》、《古代文學史修訂稿》、《孫子》及地理、刑法古籍。平金博物館系列有32種10藏品，主要用於編校各種學派、醫學、歷史等古籍，選材嚴格，校對細致。藏書印有東方石蓮、東陸觀察使者、袁波、孫氏寺藏、孫仲誠侯祠堂藏、杜館、邢燕私印、方貌山人、吳淞書社、太史章、清溪公館等。他的著作十分豐富，包括《尚書古文註釋》、《周易註釋》、《春秋別典考辨》、《爾雅廣雅訓詁韻編》、《晏子春秋伊尹》、《進士選編》、《天官史記考證》、《唐明考證》、《古文遠續》、《平金亭抄本》等。
家中有壹座圖書館“平金館”，藏書豐富，以精校細考著稱。它編制了孫氏家庭圖書館目錄，共3卷和4卷。《石蓮居藏書記》卷1，《平金博物館藏圖書劄記》卷3，《續編》卷1，《補遺》卷1。嘉慶五年(1800)出版《祠堂書目》。館藏文獻較多，其中“戴南閣系列”和“平金閣系列”刻於嘉慶。戴南閣系列主要收集自《詩文集》、《中國古代文學修訂史》、《孫子》及地理、刑法古籍。平金博物館系列有32種10藏品，主要用於編校各種學派、醫學、歷史等古籍，選材嚴格，校對細致。著作頗豐，包括《今尚書》古文註釋、《遍遊古跡錄》、《周易註》、《春秋別典考釋》、《爾雅廣雅訓詁韻編》、《春秋晏子音義》、《進士選輯》、《史記正史考證》、《傅博士設置始末》、《唐明考證》等。