同時，朱元璋晚年及其統治時期的歷史文獻被大量銷毀，這也給朱允炆的登基程序留下了很多疑點。
其中最著名的就是朱元璋臨死前召見朱迪，三次問身邊的人“太子來了沒有？”這段話也寫在《太宗實錄》和《太祖實錄》中，證明朱元璋生前有意將明朝傳給朱迪。
從以上兩個史料來看，似乎朱元璋有意更改繼承權，也從側面印證了朱迪關於朱允炆是“皇位繼承人”的說法。據朱迪說，是朱元璋臨終時派人到北平見他最後壹面。
南下淮安時，他得到了朱允炆上諭的消息，他南下探望父親的請求在上諭中被拒絕了，只好返回北平。
同時，還拿出晉王朱死後朱元璋給他的聖旨作為旁證。“我這秀才，不過是妳的人才，秦晉早就照顧妳了，妳又長，在外忙。是誰？”...而他指揮諸王，用相機丈量形勢，不讓邊關傷害百姓，就是為了回答天心，表示對我的恩情。"
這些史料中的陳述似乎證明了朱迪即位的合法性，但由於永樂年間兩次修改史料的操作，很多人對這些史料的真實性產生了懷疑。因此，清代張主編的《明史》沒有采納這壹說法，而是認定合法即位，揭竿而起。
這種說法後來被歷史學家廣泛認可，並被教科書采納。
但兩種史料完全不同，朱允炆即位也沒有法律依據，因此在歷史愛好者中產生了爭論。
尤其是對於朱元璋生前的壹些行為，真假難辨的史書記載也給後來的爭論留下了很大的空間。
在朱迪和朱允炆的選擇中，朱元璋曾經考慮過選擇朱迪，後來在文官集團的支持下，選擇了讓朱允炆做楚君
但是朱允炆年輕，他的統治經驗和能力還不足以統治全國，所以朱元璋臨死前做了很多安排。
這不僅是為了政權的順利更叠，也是為了國家的穩定。這些行動在很大程度上也與朱迪密切相關，因此他們也被認為願意改變朱迪。從朱元璋晚年與朱迪的通信中可以看出，他仍然信任朱迪，朱迪是他晚年穩定國家的支柱。但僅僅因為這些書信，就想當然地認為朱元璋會改信朱迪。