《酌中誌》有明、清抄本多種，卷數亦各不相同，文字之間也有出入，這些大概都是輾轉傳抄所致，並非若愚著作原本。明朝末年呂毖選錄了《酌中誌》卷十六至卷二十，改定為王集，書名也改為《三宮史》。據《四庫全書總目》記載：清高宗弘歷在內殿叢編中，檢逢是帙，“特命繕錄斯編，登諸冊府，著有前代亂亡之所自，以昭示七窮。”足見他對這本書的重視程度。故宮博物院圖書館善本庫藏有清康熙內府抄本《酌中誌略》二十二卷，刪去了原卷二十壹《遼左棄地》和卷二十四（即附錄《黑頭爰立紀略》）原書中壹些“違礙”字句（無非是在清朝統治者們看來是大不敬的文字，“虜”，“奴酋”等）也均被刪去，不過在內容方面無甚改動。由於相距時間不遠，此康熙內府抄本較為接近原著，偽奪較少，最近幾年有北京古籍出版社出版的以清道光二十五年海山本為底本，以故宮善本清康熙內府抄本進行校對的點校本《傳誌》流傳，為讀者提供了研究明史、明宮史以及客魏閹黨罪行的完整參考資料。