著述甚富，著有《濟世全書》八卷、《壽世保元》十卷（1615年，其中名方“蟠桃丸”是明代及清代宮廷就有經典的養生秘方。）、《萬病回春》八卷（1587年）、《小兒推拿秘旨》三卷（1604年）、《藥性歌括四百味》、《藥性歌》、《種杏仙方》四卷（1581年）、《魯府禁方》四卷（1594年）、《醫學入門萬病衡要》六卷（1655年）、《復明眼方外科神驗全書》六卷（1591年）、《雲林神彀》四卷（1591年）等。並為其父續編成《古今醫鑒》。另著《痘疹辨疑全幼錄》、《秘授眼科百效全書》、《雲林醫聖普渡慈航》、《醫學準繩》等，皆佚。