網站主要交易版塊有“舊書店聯盟”、“在線拍賣”、“舊書廣場”、“特色廣場”和“拍賣聯盟”。主要社區版塊包括“夫子資訊”、“夫子社區”、“古舊書院”、“專欄作者”和“夫子博客”等。
“舊書店聯盟”是網站的主要交易區之壹，賣書人以在網絡上開設虛擬書店的方式銷售圖書。加盟書店有很多是實體書店，自從他們在孔網開通網上書店以來，每年的交易額節節攀升。
“在線拍賣”是網站的另壹個主要交易區，分為“珍本拍賣”和“大眾拍賣”兩部分，是為了方便廣大書友拍賣壹些珍稀圖書或價值較高的舊書而設立的拍賣平臺。
“舊書廣場”是為買賣舊書提供的自由交易廣場，會員可以在這裏自由交易和發布求購配售信息，人氣非常高，信息更新速度快。
“拍賣聯盟”匯聚了國內11家大型拍賣公司，展現給網友最新、最快的各種拍賣信息。這些拍賣公司包括中國書店海王村、中國嘉德拍賣公司和上海博古齋等業界最有名氣的公司。
“夫子社區”和“夫子博客”是交流中國圖書文化、古舊書知識和會員間溝通感情的兩個版塊。社區親和力強，交流融洽，深受廣大書友喜愛，凝聚了相當的人氣。這為網站發展成為最大的中國傳統文化社區提供了可能性。
“夫子資訊”展示了業內外關於古舊書的各種媒體報道和其他信息；“古舊書院”中的淘書指南、淘書地圖、藏家專欄和版本學堂等欄目更成為中國圖書文化資源的寶庫，為網站創立中國最大的舊書信息中心了奠定了基礎。
“專欄作者”是孔夫子舊書網為網上註冊的資深作者和書友提供壹個展現自己文字風采、藏書風格的個人空間，搜集了站內眾多的精品讀書、藏書文章以及善本書影資料。