自然科學史所主辦的兩種期刊在參照執行《CAJ-CD規範》時遇到的最大困難是參考文獻的規範化。《CAJ-CD規範》要求參考文獻所有著錄項目必須齊全，而古籍在著錄時較困難。此外，有些科技史工作者在引用文獻時往往忽視文獻的責任者（尤其是第二、三責任者）、出版地等要素的著錄。近年來，編輯部在兩刊中均參照執行《CAJ-CD規範》，並重點處理加工《中國科技史料》文稿中的參考文獻。編輯部希望研究人員能夠按照兩刊《作者須知》規範論文的要求進行寫作。