著有《長阿含經》（譯析，1997年，臺灣佛光山文教基金會）、《中國典籍精華叢書·佛道卷》（合作，2000年，中國青年出版社）、《近思錄》（析註，2001年，江蘇古籍出版社）、《晚明佛學的復興與困境》（2001年，臺灣佛光山文教基金會）、《人間潮音：太虛大師傳》(2003年，浙江人民出版社)、《佛教弘化的現代轉型：民國浙江佛教研究（1912－1949）》(2003年，宗教文化出版社)，譯著《劍橋明代中國史》（第八卷，合譯，中國社會科學出版社）等。參加任繼愈先生主編《佛教大辭典》（江蘇古籍出版社2003年版）條目編撰（主要負責元明清佛教人物條目撰寫，約3萬余字）。即將由商務印書館出版專著《晚明佛教思想研究》。
1、《晚明佛學的復興與困境》（專著），臺灣佛光山文教基金會，2001。
2、《近思錄》（編著），江蘇古籍出版社，2001。
3、《佛教弘化的現代轉型：民國浙江佛教研究》（專著），宗教文化出版社，2003。
4、《人間潮音：太虛大師傳》（專著），浙江人民出版社，2003。
5、《儒學名臣：劉宗周傳》（專著），浙江人民出版社，2005。
6、《法藏評傳》（專著），南京大學出版社，2006。
7、《晚明佛教思想研究》（專著），宗教文化出版社，2007。
8、《佛行人間：佛教社會觀》（專著），宗教文化出版社，2008。
9、《陽明學派與晚明佛教》（專著），中國人民大學出版社，2009。
10、參著《中國佛教通史》（學術版，15卷），負責明代佛教及中國華嚴宗史，計110萬字，江蘇鳳凰出版集團，2010。
11、《陳亮研究：永康學派與浙江精神》（聯合主編），上海古籍出版社，2006。
12、《劍橋中國明代史》（譯著，第11－15章），中國社會科學出版社，2006。