截止到2012，11，菏澤學院圖書館擁有圖書2810000冊，其中紙質圖書165000冊，電子圖書165438冊，涵蓋了文學、歷史、藝術、經典。每年訂購中外報刊654.38+萬種，其中紙質報刊近2000種，電子期刊9000種。該館還擁有超星數字圖書館、超星讀書秀、同方王智中文期刊全文數據庫、萬方科技子系統、萬方中國學位論文、萬方論文相似度檢索子系統、NPC復印報刊全文數據庫、VIP考試資源系統、Springer Link外文數據庫、EBSCO外文數據庫。自建四個電子資源庫:菏澤地方文獻電子資源庫、菏澤大學優秀學位論文數據庫、書目數據庫、隨書光盤數據庫。
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