南詔、大理國時期，由於佛教的興盛，佛教建築隨之興起。這壹時期建造了許多佛寺、佛塔。大理的標誌性建築——崇聖寺三塔，便是在這壹時期建造的。而除了宣揚佛教以外，修建三塔還有壹個重要的原因：“大理古為澤國，多水患”。
古籍《金石萃編》中記載：“世傳龍性敬塔而畏鵬，大理舊為龍澤，故為此鎮之。”而這也在千尋塔塔頂發現的“金鵬鳥”和塔東照壁上沐世階手書的石刻大字“永鎮山川”身上得到了證實。
關於這三座塔，民間流傳著諸多傳說，有人說“這塔底藏著壹座地宮，地宮中藏著寶藏，因此才會在建塔之初，采用特殊的方法，才使得它歷經千年而屹立不倒”。
1867年，隨著太平天國運動的失敗，占領大理城的義軍領袖杜文秀遭到了清廷集中的圍攻。也就在這場戰火中，崇聖寺大多寺院被毀，唯獨三塔奇跡般地保留了下來。直到2002年，大理人終於決定在廢墟上重建崇聖寺，這才結束了150多年有塔無寺的局面。
而除了人為破壞之外，三塔還歷經了千年的風雨剝蝕，以及30余次強地震的考驗，雖然均不同程度地偏離垂直線，並且呈傾斜狀態已達400多年，但仍然屹立不倒。
最為神奇的是，明德正德年間的大地震中，大理古城房屋絕大部分倒塌，千尋塔也折裂如破竹，可在之後的余震中，千尋塔竟奇跡般自行復合如初。1925年的大地震，城內民房倒塌率達99％，但千尋塔只震落了塔頂上的寶剎。這對於沒有石基直接在土基上修建的三塔來說，無疑是壹個奇跡。