《四庫全書》保存了中國歷代大量文獻。所據底本中﹐有很多是珍貴善本﹐如宋元刻本或舊抄本﹔還有不少是已失傳很久的書籍﹐在修書時重新發現的﹔也有的是從古書中輯錄出來的佚書﹐如從永樂大典中輯出的書有385種。《四庫全書》的編纂﹐無論在古籍整理方法上﹐還是在輯佚﹑校勘﹑目錄學等方面﹐都給後來的學術界以巨大的影響。但是﹐《四庫全書》畢竟是乾隆皇帝以“稽古右文”為名﹐推行文化專制政策的產物﹐乾隆借纂修《四庫全書》之機向全國征集圖書﹐貫徹“寓禁於征”的政策﹐對不利於清朝統治的書籍﹐分別采取全毀﹑抽毀和刪改的辦法﹐銷毀和篡改了大批文獻。《四庫全書》突出了儒家文獻和反映清朝統治者“文治武功”的文獻﹐把儒家著作放在突出的位置，例如壹些順服於滿清統治的漢人如湯斌等人的著作受到重視，而黃宗羲、呂留良、顧炎武等壹些與湯斌同時代卻有骨氣的文人著作則受到打擊和禁毀。把儒家經典放在四部之首，把壹般儒家著作放在子部之首；輕視科技著作，認為西方現代科學技術，是“異端之尤”，可以“節取其技能，禁傳其學術”。除了農家、醫家和天文算法類收錄少數科技著作之外，壹般科技著作是不收錄的；排斥了有民主色彩或敢於批評儒家思想的文獻及戲曲和通俗小說如宋元雜劇﹑話本小說﹑明代傳奇等
清乾隆編纂四庫全書時銷毀了對滿清不利的書籍總數，據統計為壹萬三千六百卷。焚書總數，15萬冊。銷毀版片總數170餘種、8萬餘塊。除了焚毀書籍，滿清還系統的對明代檔案進行了銷毀。目前明代檔案僅三千余件，主要是天啟、崇禎朝兵部檔案，也有少量洪武、永樂、宣德、成化、正德、嘉靖、隆慶、萬歷、泰昌朝的官方文書（其中很多已經被滿清修改過）。其余估計不少於1000萬份明代檔案，已經全部被銷毀了。除了銷毀書籍和檔案外，滿清還系統的對殘存書籍和檔案，進行篡改。
《四庫全書》的學術影響
1. 規模亙古未有。全書幾乎囊括了清代中期以前傳世的經典文獻，是對中國有文字記載以來所存文獻的最大集結與總匯。 2. 抄錄和輯佚《永樂大典》中孤本書籍。“四庫“館臣先後***從《永樂大典》中輯得失傳文獻500余種，其中380余種收入《全書》，120余種列為《存目》。 3. 對圖書分類的影響。《四庫全書總目》的分類標準和部別原則充分體現了中國古典文獻傳承的科學體系。乾嘉以後，凡編纂書目者，無不遵循其制度。 4. 開創了多層次的古籍編撰和保存工程。用新造木活字排印流通100多種珍本秘籍，即著名的《武英殿聚珍版書》。開館之初，命館臣從應抄諸書中擷其精華，編纂《四庫全書薈要》。建造南北七閣，大力倡導藏書文化，體現傳統文化尊嚴和價值。
編輯本段後世評價
“文字獄的血跡已經消失，滿洲人的兇焰已經緩和，愚民政策早已集了大成，剩下的就只有“功德”了。那時的禁書，我想他都未必看見。現在不說別的，單看雍正乾隆兩朝的對於中國人著作的手段，就足夠令人驚心動魄。全毀，抽毀，剜去之類也且不說，最陰險的是刪改了古書的內容。乾隆朝的纂修《四庫全書》，是許多人頌為壹代之盛業的，但他們卻不但搗亂了古書的格式，還修改了古人的文章；不但藏之內廷，還頒之文風較盛之處，使天下士子閱讀，永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人。 ” ----（魯迅《病後雜談之余》） “清人纂修《四庫全書》而古書亡矣！”——吳晗 嘉惠學林，功在千秋——國學大師季羨林 《四庫全書》與萬裏長城壹樣，是值得我們珍視並為之自豪的中華民族的珍貴遺產。——博士生導師黃愛平 《四庫全書》是壹套什麽樣的書？《四庫全書》是中國古代最大的叢書。——《人民日報》 《四庫全書》幾乎囊括了清乾隆以前中國歷史上的主要典籍。——《解放軍報》