作為東巴經的物質載體，厚重堅實的東巴紙頗引人註目。中國各地造紙，使用的原材料大略可分為三類：壹是韌皮植物如大麻、黃麻、亞麻、苧麻和藤；二是木本植物如楮、桑、青檀等的樹皮；三是禾本科植物如竹、蘆葦、稻和麥的莖桿等。理論上，最好的造紙原料是纖維發達的棉花和麻類，但它們還肩負紡織的重任，為人類提供布料。生存畢竟比文明重要，沒有哪個民族將棉花作為主要造紙原料。漢唐時期，麻紙曾經如日中天，接著被更廉價的樹皮紙取代。蘆葦與稻草的纖維太短，只能制造品質較差的草紙。所以最常用的造紙原料是樹皮和嫩竹，生產出皮紙和竹紙。
絕大多數樹皮不適合造紙。我國曾大規模用於造紙的樹皮，只有桑科植物楮樹與桑樹，榆科的青檀。楮樹即構樹，在古籍裏又稱轂樹，歷來為我國楮皮紙的主要原料；青檀是高級書畫紙宣紙的主要原料。適合造紙的還有瑞香科植物，閩粵地區曾以棧香和雁皮造紙；日本學者富田淳發表文章稱，2002妳那日本三之丸尚藏館對王羲之《喪亂帖》進行修復，判明其紙料為雁皮55％和楮45％的混合紙。可見我國唐初就己使用雁皮造紙。
這裏提到的雁皮，就是瑞香科蕘花，也是東巴紙的主要造紙原料。奇怪的是，在中國本土，樹皮柔韌的瑞香科植物在造紙方面始終不大流行。我讀張秉綸、方曉陽、樊嘉祿《中國傳統工藝全集·造紙與印刷》和錢存訓《中國紙和印刷文化史》兩種巨著，發現他們都沒有提及瑞香科植物在中國紙史中的作用。
然而瑞香科植物十分重要。日本人以雁皮為主造出了著名的和紙；受日本影響，臺灣用雁皮造高級宣紙。在西藏，瑞香科狼毒成為藏紙的主要原料。與藏族比鄰而居的納西族，也許受了藏紙的影響，選擇了同屬瑞香科的蕘花造紙。
蕘花是壹種落葉小灌木，高約1米，樹幹只有拇指般粗細。它是有毒植物，像漆樹壹樣，能讓接觸者的皮膚過敏，紅腫麻癢。有人稱東巴紙為毒紙。當然制成紙張後，毒性就消失了，但對於蠹蟲仍然具有威懾力，保存數百年的東巴經很少發生蟲蛀。
其次，東巴紙的制造過程相當獨特，混合了澆紙法和抄紙法兩大造紙方法的特點。
造紙的程序雖然復雜，原理卻很簡單：采集富含纖維的植物，通過浸漚、舂搗、蒸煮等方式去除雜質，做成紙料；再用壹個網簾（紙簾），將懸浮於水中的紙漿過濾變成薄片；最後將薄纖維層拿去烘幹或曬幹。東巴紙的制造程序大體也是這樣。
什麽是澆紙法呢？就是把做好的紙料直接澆註在紙簾上，濾去水分，然後將纖維薄片連紙簾壹起拿去曬幹，每張紙簾每次只能造壹張紙。所謂抄紙法，是把許多紙料倒在壹個水槽裏，使用活動紙簾，每蕩起壹張紙料，就將紙簾上的纖維薄層反轉卸下，疊放到濕紙堆上，反復使用多次。濕紙堆經過壓榨水分，再逐壹分離，拿去烘幹。我國絕大多數地區造紙使用抄紙法，南亞次大陸和我國藏族、傣族則使用澆紙法。
納西族造紙，也使用水槽和活動紙簾，但水槽裏並沒有紙料，每次只將壹張紙的紙料澆註在紙簾裏，借助水槽中漫過紙簾的清水蕩勻紙料，然後提起濾水。這是典型的澆紙法。然而，他們並沒有把紙簾連同濕紙拿去曬幹，而是將濕紙倒扣在壹片木板上，再把木板端到太陽下曬幹，騰空的紙簾又可以去制造下壹張紙。從紙簾可以反復使用的角度看，顯然它又具有抄紙法的特點。
最後，東巴紙的生產時間很短，從砍樹到出紙大約壹個星期，與竹紙宣紙動輒半年壹年相比，速度飛快。但因為生產方式原始，造價還是非常昂貴。據東巴紙專家陳登宇先生測算，每做壹鍋，僅可煮幹皮5公斤左右，最多可得25cm×60cm規格得東巴紙60張，需要砍伐原料樹不低於1000棵，燃燒木柴200公斤，花費工時最少7天。解放前，50至60張規格為50cm×60cm的東巴紙，需要用壹頭羊去交換。如今因為原料稀缺，依舊無法大批量生產。麗江滿街出售的所謂東巴紙旅遊紀念品，絕大部分並非蕘花制造。
制好的東巴紙呈牙白色，因為屬於皮紙，植物纖維極好，所以非常柔韌；因為用澆紙法，每張紙單獨放料，所以非常厚實，可兩面書寫；又因為生產周期短，纖維較粗糙，至今仍無法解決印刷難題。有時人們會在最後增加壹道用石頭砑光紙面的工序。