《高山》、《流水》兩曲從明初以來，又有演變，朱權(神奇秘譜》寫在前半部稱為《太古神品》的壹類中，《高山》短些，《流水》長些，都不分段，證明他是暗示他所輯的是唐代的曲譜，指法也確有晚唐和宋初的痕跡。在明中葉徽藩的《風宣玄品》中（1539），這兩曲依然前短後長不分段，但指法改動了。到明中葉以後，楊表正《琴譜真傳》（1585）的《高山》是四段，《流水》是八段（他加了旁註詞），這時在宮廷中供奉的《高山》也是四段，《流水》也是八段（據《藏春塢琴譜》1620），都和朱權所說宋代的分法相符。但是和楊表正譜距離只有十五年，在同壹地點南京出版的楊掄《伯牙心法》（1600）卻把《高山》變成六段了。到了尹曄的《徽言秘旨》（1647，但他在萬歷間約1600左右就已有名於琴壇）又把《高山》分成八段了。從此以後，所有清代各譜的《高山》都是八段。
從楊表正時起，《流水》原是八段，但在張孔山的《流水》中，卻在原第五、六段之間加了壹段，成為九段（參看《高山》條）。所加的壹段，即張譜的第六段，是用所謂七十二滾拂的技巧盡情模擬泉滴水流的聲音的。《天聞閣譜》專為這些滾拂和滾拂中的和音定了些新指法，但很費解。張自己在《天聞閣譜》中寫了壹篇小識說：余幼師琴於馮彤雲先生，手授口傳。所習各操尚易精熟，獨此曲最難。且諸譜所收《流水》雖然各別，其實大同小異，唯此操之六段迥相懸絕。余幼摩既久，始能聆其神趣……我們還沒有馮彤雲的材料，但可以從此看出張孔山《流水》必另有傳本。顧玉成本對於這壹段用的是傳統的滾拂另加旁註，反而不十分費解。顧氏譜在模擬水流裏的旋律性較強，《天聞閣譜》模擬水聲較切。