焚書坑儒的起因，是因為當時壹些儒生和遊士引用儒家經典，借用古代聖賢的言論批評時政。而從更大背景看，是秦始皇統壹文化的需要。
因為秦朝建立在六國的基礎上，秦始皇滅六國後，為統壹思想，推行“車同軌、書同文、行同倫”，應該說是很必要的措施。但由於壹些“經書”中多有六國遺黨頌六國先王的內容，秦始皇是不能容忍這種復辟可能性存在的，如儒者提倡依古制實行分封制的主張不合時宜等。而坑儒，則是很多方士接近始皇，以煉藥尋丹為名，實乃是要傳“道經”於天下。始皇惱羞成怒，認為方士們在耍弄自己。於是，先焚道經，後坑方士。
至於留下醫術、占蔔和農書，是聽從了丞相李斯焚毀古書的建議。首先，李斯認為“儒生不師今而學古”“道古以害今”。如果任由這種不同思想存在下去，“如不加以禁止，則主勢降乎上，黨與成乎下，統壹可能遭到破壞”。而“三代之爭，何可法也”，也就是說長期治理思想爭論不休，國家就不知道該遵照什麽方法去治理了，這種思想混亂是不可持續下去的。所以，為了別黑白而定壹尊，樹立君權的絕對權威，他向秦始皇提出焚毀古書的三條建議：（1）除《秦紀》、醫藥、蔔筮、農家經典、諸子和其他歷史古籍，壹律限期交官府銷毀。令下三十日後不交的，處以黥刑並罰苦役四年；（2）談論《詩》、《書》者處死，以古非今者滅族，官吏見知不舉者，與同罪；（3）有願習法令者， 以吏為師。
PS：秦始皇之所以晚年昏庸求長生，就是因為權力的欲望，畢竟秦始皇本身就是生在帝王之家，他深刻明白，當權力握在手中的時候才能決定壹切，壹旦死去，他就什麽也不是了，他覺得自己如果這樣與世長存下去，才能讓自己的大秦江山萬代長存，他才能永世被人傳頌。