整套書分為經、史、子、集四部，44類，其中也包括了《論語》、《大學》、《孟子》、《中庸》、《周易》、《周禮》、《禮記》、《詩經》、《孝經》、《尚書》、《春秋》、《史記》、《爾雅註疏》、《說文解字》、《史記》、《資治通鑒》、《孫子兵法》、《國語》、《水經註》、《戰國策》、《本草綱目》、《茶經》等其他經典著作，還有日本、朝鮮、越南、印度以及來華歐洲傳教士的壹些著作，為後代學者研究中國古代文化提供了較完善的文獻資料。
清乾隆38年（1773年）2月朝廷設立了“四庫全書館”，負責《四庫全書》的編纂，由乾隆皇帝的第六個兒子永瑢負責，任命皇室郡主於敏中為總裁，大學士以及六部尚書、侍郎為副總裁，召著名學者紀昀為總纂官開始編纂這套卷帙浩繁的叢書。陸錫熊、孫士毅、戴震、周永年、邵晉涵等其他學者也參與了編纂。曾參與編撰並正式列名的文人學者達到3600多人，而抄寫人員也有3800人。
《四庫全書》收錄了當時在全國各地征收的流通圖書、清內廷收藏的圖書以及《永樂大典》中輯出來的珍本善本。據統計，光是征收得的圖書就達13501種。這些書篩選後按“著錄書”及“存目書”分別收入，其中“存目書”不錄全書，只摘部分內容，而“著錄書”則經過整理、校勘、考證後，按特定格式重新抄寫存入，謄寫完成後，還要與原本反復校勘。最後收錄的圖書有3461種。
《四庫全書》為了美觀與便於識別，采用分色裝潢，經部綠色，史部紅色，子部月白色（或淺藍色），集部灰黑色。四部顏色的確定，依春夏秋冬四季而定。《四庫全書總目》因為是全書綱領，采用代表中央的黃色。
乾隆49年（1784年）四套書陸續完成，全書***抄7部，分別貯於北京紫禁城皇宮文淵閣、京郊圓明園文源閣、奉天故宮（今沈陽）文溯閣、承德避暑山莊文津閣，合稱“內廷四閣”（或稱“北四閣”）。又在鎮江金山寺建文宗閣，揚州大觀堂建文匯閣，杭州西湖行宮孤山聖因寺建文瀾閣，即“江浙三閣”（或稱“南三閣”），各藏抄本壹部。副本存於京師翰林院。其中文淵閣本最早完成，校勘更精、字體也更工整。
乾隆52年（1787年）乾隆皇帝抽查《四庫全書》時發現壹些書有詆毀清朝的字句，因此下令重檢《四庫全書》，並最終刪除《諸史同異錄》等11部。但這11部書雖然從《四庫全書》中刪除，但是依然存在宮中，沒有銷毀，這11部書中的9部還流傳到今天。
嘉慶八年（1803年）由紀昀主持進行了《四庫全書》最後壹部分官修書籍的補遺工作，進壹步完善《四庫全書》。
編纂四庫全書時，清廷為維護統治，大量查禁明清兩朝所謂有違礙字句的古籍，見四庫禁書。並且大量篡改古籍，如嶽飛的《滿江紅》名句“壯誌饑餐胡虜肉，笑談渴飲匈奴血”。“胡虜”和“匈奴”在清代是犯忌的，於是《四庫》館臣把它改為“壯誌饑餐飛食肉，笑談欲灑盈腔血”。張孝祥的名作《六州歌頭·長淮望斷》描寫孔子家鄉被金人占領“洙泗上，弦歌地，亦膻腥”。其中“膻腥”犯忌，改作“亦雕零”等等。