根據上述職責，省衛生廳設15個內設機構： （壹）辦公室。
綜合協調機關政務工作；負責文電、會務、機要、檔案、財務等機關日常運轉工作；承擔安全保密、來信來訪、衛生統計、政務公開等工作。
（二）人事處。
承擔機關和直屬單位的機構編制、人事管理等工作；擬訂全省衛生人才發展規劃和政策並指導實施；會同有關方面擬訂衛生專業技術人員任職資格標準並組織實施；組織指導衛生管理幹部崗位培訓工作。
（三）規劃財務處。
擬訂全省衛生事業中長期發展規劃，推動區域衛生規劃工作；統籌規劃與協調全省衛生資源配置，管理大型醫用裝備配置；會同有關部門提出醫療服務價格、藥品價格、基本醫療保險費用結算等政策的建議；負責衛生專項投資、省級衛生單位基本建設和直屬單位國有資產的監督管理；組織擬訂全省衛生裝備標準和管理辦法。
（四）政策法規處。
貫徹落實國家醫藥衛生體制改革政策，擬訂醫藥衛生改革的具體方案和措施；承擔地方性衛生法規規章草案的起草工作，組織擬訂衛生政策和標準；承擔機關規範性文件的合法性審核工作；承擔有關行政復議和行政應訴工作。
（五）公***衛生應急處理辦公室(突發公***衛生事件應急指揮中心）。
擬訂衛生應急處理和緊急醫學救援規劃、制度、預案和措施；指導突發公***衛生事件的預防準備、監測預警、處置救援、分析評估等衛生應急活動；組織實施對突發急性傳染病的防控和應急措施；對重大災害、恐怖、中毒事件及核事故、輻射事故等，組織實施緊急醫學救援；發布突發公***衛生事件應急處置信息。
（六）疾病預防控制局（省愛國衛生運動委員會辦公室、省地方病防治領導小組辦公室）。
擬訂全省重大疾病防治規劃、免疫規劃和嚴重危害人民健康的公***衛生問題的幹預措施並組織實施，完善重大疾病防控體系，防止和控制疾病的發生和疫情的蔓延；負責全省疾病預防控制機構的業務技術指導；開展疾病防治監督監測工作；承擔發布法定報告傳染病疫情信息工作；承辦省愛國衛生運動委員會和省地方病防治領導小組的日常工作。
（七）農村衛生管理處。
承擔綜合管理全省農村基本衛生保健和新型農村合作醫療工作，擬訂有關政策、規劃並組織實施；指導全省農村衛生服務體系建設和鄉村醫生相關管理工作；監督指導農村衛生政策的落實。
（八）婦幼保健與社區衛生處。
擬訂婦幼衛生、社區衛生、健康教育的政策、規劃、規範並組織實施；擬訂婦幼衛生技術地方標準；對婦幼保健工作實施監督管理；負責組織嚴重危害婦女、兒童健康疾病的防治工作。 （九）醫政與醫療服務監管處。
擬訂醫療機構、醫療技術應用、醫療質量和服務、采供血機構管理等有關政策、規範、標準並組織指導實施；擬訂醫務人員執業標準和服務規範；指導醫院藥事、臨床重點專科建設、醫院感染控制、醫療急救體系建設、臨床實驗室管理等有關工作；參與藥品、醫療器械臨床試驗管理；承擔醫療機構醫療服務的監管工作，建立醫療機構醫療質量評價和監督體系，組織開展醫療質量、安全、服務、財務監督和評價等工作，建立健全以公益性為核心的公立醫院監督制度，承擔推進公立醫院管理體制改革工作。
（十）食品安全綜合協調與衛生監督處。
組織擬訂食品安全地方標準；承擔組織查處食品安全重大事故工作；擬訂食品安全檢驗機構資質認定的條件和檢驗規範；組織開展食品安全監測、風險評估和預警工作；承擔重大食品安全信息發布工作；指導規範衛生行政執法工作；按照職責分工，負責職業衛生、放射衛生、環境衛生和學校衛生的監督管理；負責公***場所、飲用水等的衛生監督管理；負責傳染病防治監督；整頓和規範醫療服務市場，組織查處違法行為；督辦重大醫療衛生違法案件。
（十壹）藥物政策與基本藥物制度處。
貫徹執行國家基本藥物制度，組織實施藥品法典和國家基本藥物目錄；貫徹國家藥物政策，組織實施基本藥物采購、配送、使用的政策措施，會同有關方面提出基本藥物目錄內藥品生產的鼓勵扶持政策。
（十二）科技教育處。
承擔擬訂全省醫藥衛生科技發展規劃，組織實施重點醫藥科研攻關項目；指導醫療衛生方面的技術推廣和科學普及工作；組織研究地方醫學衛生技術標準；承擔醫藥衛生實驗室生物安全的監督管理工作；組織指導衛生專業技術崗位培訓工作；承擔組織開展繼續醫學教育和畢業後醫學教育工作。
（十三）省中醫藥管理局。
貫徹執行國家中醫藥工作方針政策和法律法規，擬訂全省中醫藥事業發展規劃和政策標準；承擔中醫醫療、預防、保健、康復及臨床用藥等的監督管理責任；負責監督和協調醫療、研究機構的中西醫結合工作；組織開展中藥資源普查，促進中藥資源的保護、開發和合理利用；組織開展對中醫古籍的整理研究和中醫藥文化的繼承發展。
（十四）外事處。
負責管理全省衛生外事工作，組織指導全省醫療衛生方面的政府及民間的多邊、雙邊合作交流，協調全省醫學領域的國際交流與合作；負責衛生援外工作。
（十五）保健處。
負責全省各級醫療機構幹部病房的業務管理，承擔重要會議與重大活動的醫療保健有關工作。
離退休工作處 負責機關離退休人員的服務管理工作，指導直屬單位離退休人員的服務管理工作。
機關黨委 負責機關和直屬單位的黨群工作。
省紀委（監察廳）派駐省衛生廳紀檢組（監察室） 按照《省紀委 省委組織部 省編辦 省監察廳關於對省紀委省監察廳派駐機構實行統壹管理的實施意見》的規定履行職責。