從負面的角度來說：《四庫全書》畢竟是乾隆皇帝以“稽古右文”為名，推行文化專制政策的產物。乾隆借纂修《四庫，書》之機向全國征集圖書，貫徹“寓禁於征”的政策，對不利於清朝統治的書籍，分別采取全毀，抽毀和刪改的辦法，銷毀和篡改了大批文獻。《四庫全書》的編修可以說是全國圖書都要進獻檢查，不僅不利於大清的文獻被禁毀，連前人涉及契丹、女真、蒙古、遼金元的文字都要進行篡改。《四庫全書》收錄全文的圖書壹***有3461種，成書79000卷，近7.7億字。編修中明令禁焚的書籍就有3000多種（估計禁毀6766部，93556卷），禁毀數超出收入的總數，這還不算上因當時詔令上繳違禁書籍在民間造成的恐怖氛圍，百姓偷偷焚毀的書籍，合計起來被毀掉的書籍恐怕不止萬部，這實在是空前絕後壹場文化大浩劫。
魯迅在《病後雜談之余》裏說：“文字獄的血跡已經消失，滿洲人的兇焰已經緩和，愚民政策早已集了大成，剩下的就只有“功德”了。那時的禁書，我想他都未必看見。不說別的，單看雍正乾隆兩朝的對於中國人著作的手段，就足夠令人驚心動魄。全毀，抽毀，剜去之類也且不說，最陰險的是刪改了古書的內容。乾隆朝的纂修《四庫全書》，是許多人頌為壹代之盛業的，但他們卻不但搗亂了古書的格式，還修改了古人的文章；不但藏之內廷，還頒之文風較盛之處，使天下士子閱讀，永不會覺得我們中國的作者裏面，也曾經有過很有些骨氣的人。”
歷史學家吳晗也說：“清人纂修《四庫全書》而古書亡矣！”