約1961年後,石先生逐漸退出臺灣省的考古舞臺,專註於整理和研究大陸帶到臺灣的安陽殷墟出土資料。他最大的成就是根據對殷墟地面和地下建築遺存和墓葬的研究,還原地面上的建築,並把復雜的考古現象聯系起來,從而探討殷代的營建儀式、軍車組織和宗法制度,重建當時的制度。
由於其獨特的學術地位,前校長蔣公特別要求他不要退休,繼續為學術圈做貢獻。四分之三世紀以來,石先生壹直在敵機的不斷轟炸下整理出土文物,在擁擠的狹小空間裏辛勤工作。如今,著作等身的石先生仍每天來到研究所,日復壹日地整理出版浩瀚殷墟的精華,包括洞窟、殷代天象、基址以及侯家莊總平面圖的繪制和修改。