自然遺產保護地的建設和管理缺乏規範穩定的資金來源。許多位於老少邊窮地區的自然保護區和風景名勝區長期得不到財政撥款，缺乏財政支持渠道，導致管護經費嚴重不足，極大地影響了自然遺產資源的正常保護、規劃和管理。
除了保護經費投入不足，當地居民權益保護不足是我國自然遺產保護的另壹大難題。有必要立法對居民權益保護作出規定，並使之明確。應加快自然遺產保護的立法進程。