在活字印刷時代，朝廷連壹次刻這麽大數量的書都負擔不起，最後出版方式還是手工抄寫。朝廷雇了近2400人，都抄在公公的書信裏。這是唯壹的永樂大典，被稱為原永樂。永樂大典原本保存在南京明故宮文遠館，後朱迪遷都北京，存放在紫禁城的文樓。嘉靖三十六年，整個紫禁城毀於大火，從文樓搶救出來的永樂大典被轉移到皇家史跡存放。
嘉靖很喜歡永樂大典。為了保存壹份，他命令109人再復制壹份。這是嘉靖的抄本。副本做出來後，原來的永樂無緣無故就永遠消失了。原作很可能毀於宮中大火，也有可能跟隨嘉靖到他的陵墓。副本保存在皇宮裏。雍正年間，此書被移至翰林院靜宜閣保存。到雍正乾隆年間，此書已失傳2000余冊。
第二次鴉片戰爭後，很多外國人想要永樂大典，買通了看守的官員。這些官員以非常便宜的價格出售，永樂大典短短幾年就減少了壹半。到1900年，翰林院的《永樂大典》只有870本。八國聯軍侵華期間，戰火燒到了國子監，永樂大典的書籍大部分被燒毀，很多都是外軍用來墊槍座的。1901年，清政府與洋人交涉要回330冊。但到了1904，國子監只剩下64本《永樂大典》。