有兩種發酵床:地上的和地下的。地下發酵床要挖90 cm深，挖完坑後放入有機墊料；地面類型宜鋪高約100 cm。發酵床的鋪設順序是:先逐層鋪設鋸末、土壤和微生物種子，噴灑鹽水和營養液，填料達到50%時，開始調節水分至60% ~ 65%。豬圈墊料填好後，放豬去餵。2 ~ 3個月後，發酵床底部成為自然繁殖狀態，中間形成白色細菌，溫度達到40 ~ 50℃，豬糞發酵後成為豬飼料。
建造微生物發酵床豬圈需要考慮六個因素:
(1)飼養密度要適當。壹般每頭豬占地1.2 ~ 1.5 m2為宜，可適當增加仔豬飼養密度。
(2)發酵床的床面應保持壹定的濕度，使其始終保持在60%左右。如果水太多，應打開通風門排出濕氣；如果太幹燥，可以定期噴灑活性劑進行調節。
(3)豬進圈前要驅蟲，防止寄生蟲帶入發酵床，使豬反復感染。
(4)密切關註土壤微生物細菌的活性，及時補充微生物種子和營養液；每批豬屠宰時，菌床壹般減少10 cm左右，填料要及時補充。
(5)飼料不宜過量，每次餵量控制在正常量的80%，以利於豬翻地。糞便和尿液堆積起來，可以挖個坑埋了。
(6)禁止在豬舍內使用化學藥品，以防止土壤微生物受到傷害和微生物活性受到影響。
壹個優秀的發酵床可以連續使用5年左右，不需要清洗，豬糞壹天只需要翻壹次。