中醫外科在兩晉南北朝、隋唐五代發展迅速。兩晉南北朝時期的葛洪在《肘急方》中介紹了許多具有科學價值的經驗。比如用海藻治療癭病，是世界上最早用含碘食物治療甲狀腺疾病的記載。應用狗腦治療瘋狗咬傷，開創了免疫治療狂犬病的世界先例。南北朝時期有最早的外科專著劉的《鬼遺》(成書於499年)，載有140張內外方，用於癰的鑒別診斷。其中外傷止血收斂止痛，癰清熱解毒，腸癰大黃湯均符合臨床。描述切口方法區分有無膿也有實用價值，如:“癰強者無膿；半硬半稀半膿；如果瘦的人身上都有膿，那就可以破了。聽破法，接下來就要破，這樣膿就容易出來了。隋代晁編著的《異病分期論》是我國第壹部病因病機專著。書中外科內容較多，對膽結石、丹毒、疥瘡、癰腫、痔瘺、獸蛇咬傷等疾病的病因病機有壹定的了解。在40多種皮膚病的記載中，對某些皮膚病病因的認識已表現出相當的科學水平，如“頭上生瘡，生蟲，白痂很癢”，意為癬；”濕疥瘡，皮薄，常有汁液，且皆有蟲，人常以針挑之，狀如水中跛足蟲”，指疥瘡；也公認漆瘡與過敏體質有關。《黃金潰瘍斷腸》中有腸吻合術的記載，如“若見腸兩端，可速續之。先用針線繼續破腸，再拿雞血來塗”，說明妳對腹部手術有壹定的經驗。還有血管結紮、拔牙等手術方法的記載。唐代孫思邈的《千金方耀》是我國最早的臨床實用百科全書，記載了許多臟器療法，如吃動物肝臟治夜盲癥，吃牛奶治腳氣，吃羊皮、鹿胎治甲狀腺腫等，都是現代科學證實的臨床經驗。至於用洋蔥管導尿，比1860年法國發明的橡膠管早了1200多年。王導的《外臺秘笈》收方6000張，收錄了許多外科處方，是外科處方的重要參考。
到了宋代，外科學已經發展到壹個相對成熟的階段，在病機分析上強調整體與局部的關系，在治療上強調扶正與祛邪相結合，內外兼治。太平方提出“五善七邪”應辨，並總結出內消、托裏等內治方法。其他的如砒霜治痔瘡，蟾酥酒止血止痛，燒灼消毒手術器械等，都是這個時期的經驗。公元1227年，魏賢的《魏氏家藏方》中就已經寫明，藥膏要塗抹在痔核周圍，避免灼痛，使幹痔的治療更加完善。宋代外科專著越來越多，其中《吉煒包書》專論癰，記載了灸板、消息、煉刀、竹刀、小鉤等多種醫療器械的用法。李訓撰寫了《計燕背方菊》，全面論述了背癰的病因、癥狀及治療。陳著《外科精要》，強調癰要辨證論治，區分寒熱虛實，重視整體治療。其中包含了許多托裏排膿的方子，至今仍在臨床上使用。
元代的外科著作有朱丹溪的《外科精要》和魏宜林的《天下名醫良方》。齊德誌的《外科精要》總結了元代以前各種方劑的經驗，指出外科疾病是由於陰陽不和、氣血凝滯所致，所以在治療潰瘍時應區分陰陽虛實，並加以反對。治標不治本，治本不治本的方法，主張內外結合。《施壹德消方》是壹部創傷外科專著，對骨傷科有準確的描述，對麻藥的處方、適應癥、用量有具體的說明，為創傷科的發展做出了巨大貢獻。