首先，向PDF文檔添加註釋
使用新版Adobe Reader或Foxit Reader，您可以向PDF文檔添加註釋。以Adobe Reader為例，點擊工具欄上的黃色工具圖標“添加註釋”和“突出顯示文本”。在下圖中，首先高亮顯示壹段文字，然後右鍵單擊高亮顯示的黃色背景的文字，在右鍵菜單中選擇“打開彈出註釋”來添加註釋文字。該功能有助於閱讀文檔時留下筆記，方便日後追溯整理。在下面的例子中，我分別在文檔的標題和摘要中添加了中文定義。完成所有註釋後，按工具欄上的保存按鈕，將它們與所有註釋壹起保存在原始PDF文檔中。
第二，用思維導圖組織文獻
1.構建文檔結構圖
思維導圖是形象思維的工具，是利用形象思維輔助手段表達思維的工具。壹個中心關鍵詞或思想的使用導致視覺構建和分類思想；它用壹個中心關鍵詞或思想將所有具有代表性的詞語、思想、任務或其他相關項目連成壹條放射狀的線，用不同的方式表達人的思想，如引用、可視化、構建系統、分類等，廣泛應用於研究、組織、解決問題和制定政策。思維導圖有壹個中心主題和沿著它延伸的子主題圖標。像樹壹樣，它的視覺結構讓很多人學習效率更高。
本文介紹了壹款專門為研究人員設計的思維導圖工具Docear(官方發音:dog-ear)。它的前身是SciPlore MindMapping。Docear是開源軟件，可以免費下載。它支持Windows、Linux和Mac OS以圖形化方式可視化管理文檔。軟件的詳細操作指南請參考用戶手冊頁。Docear可以監控文件夾中的新文件。使用這個特性，我們可以在思維導圖中列出所有的PDF文件。每當在互聯網上發現壹個新的PDF並存儲在硬盤上時，它會立即顯示在現有的思維導圖中。
安裝完成後，選擇“文件”菜單中的“新建”項，開始創建新的思維導圖。點擊屏幕中央的“新建思維導圖”，從鼠標右鍵菜單中選擇“監控”-“添加監控文件夾”，彈出“保存地圖”窗口。為新的思維導圖設置文件名並保存後，會彈出“選擇壹個包含PDF文件的目錄”對話框，您可以選擇壹個文件夾來存儲文檔。下圖是思維導圖折疊(Alt+Page Up)到最後壹個分支，直接對應我的子文件夾名。
所有節點展開後(Alt+Page Down)，圖片將顯示為壹個大圖表。從下圖可以看出，第二級節點對應的是文檔文件名，而第三級節點由於PDF文檔的結構不同，部分PDF文檔的內部結構(標題、作者、段落、題註等)也不同。)也可以展開。註意下圖中的中文部分是我在上面添加的PDF筆記，也就是說我們在閱讀文獻時在PDF文檔中添加的所有重要筆記都可以包含在Docear生成的思維導圖中。
2.重組文學的組織結構
點擊地圖中央的“新建思維導圖”，按鍵盤上的“插入”鍵，插入壹個新的節點。本例中，新節點命名為“預警”，然後通過右鍵菜單的剪切、復制、粘貼等功能，將原來位於其他節點下的文檔移動到新創建的“預警”節點。通過這種操作，研究人員可以自由地重新建立文檔的組織結構，同壹個文檔可以出現在兩個組織方式(或主題)不同的節點下。比如我們可以通過對文檔的內容、類型、重要性、已讀和未讀進行分類來組織自己的文檔結構，這與文件夾組織文檔的方式相比有著不可比擬的優勢。
3.其他功能
如果妳給文獻閱讀添加新的註釋，妳也可以把它們導入到現有的思維導圖中。點擊地圖中對應文獻的節點，從右鍵菜單中選擇“PDF”-“導入新註釋”完成操作。
在文檔節點的右鍵菜單中選擇“編輯對話框中的註釋”，在彈出的小窗口中為文檔添加註釋。評論只保存在思維導圖中而不是PDF文檔中，添加的評論在思維導圖中有懸停效果。
第三，獲取文獻引用信息
寫論文或項目申請時，需要註明引用文獻的來源。如果在日常工作中沒有做好索引工作，會很沮喪。本文介紹的方法是在檢索下載文獻的同時，自動完成文獻引用信息的獲取和整理。Zotero是壹款基於Firefox瀏覽器的免費軟件，作為Firefox的插件，幫助在搜索在線文檔時自動獲取作者、摘要、期刊、會議、卷、頁、日期等信息。Zotero支持列表中的所有在線文獻數據庫。此外，還可以直接在亞馬遜上獲取書籍的相關信息。該頁面以視頻剪輯的形式列出了Zotero的操作要點，幫助用戶快速掌握其操作要點。
1.軟件安裝
首先，妳需要下載並安裝Firefox，我最喜歡的網絡瀏覽器！完成後運行Firefox，在Firefox的地址欄輸入Zotero的下載地址，在打開的頁面中點擊“Zotero 3.0.3 for Firefox”，Firefox會自動執行安裝過程。Zotero圖標會在安裝後出現在Firefox的右下角。
2.軟件使用
使用Firefox打開文檔檢索頁面，如下圖所示，是IEEE Xplore。檢索工作與壹般操作相同。按關鍵詞篩選感興趣的文章，然後打開目標文檔詳情頁面下載PDF文檔。註意，瀏覽器地址欄的右側會出現壹個類似於文檔條目的白色小圖標，如下圖所示，位於紅色線框的中央，綠色小傘圖標的左側。將鼠標移動到這個白色小圖標上，會出現“保存到Zotero”的提示。
點擊這個白色圖標，不壹會兒瀏覽器右下角會出現壹個提示框“保存條目…”這意味著這個文檔的相關信息，包括摘要，已經收集在Zotero中。點擊Firefox瀏覽器右下角的“Zotero”圖標，會在瀏覽器底部打開Zotero的窗口，裏面列出了所有收集到的文獻信息項。
此外，您可以選擇下載並安裝Zotero獨立版，在這種情況下，Zotero將獨立於Firefox運行。
3.出口文獻引用
這是佐特羅最好的部分。使用Ctrl+鼠標左鍵在Zotero主窗口列表中選擇多個要導出的文檔，並在右鍵菜單中選擇“從所選項生成文檔目錄…”。這時會彈出壹個小窗口。在引用樣式中選擇“IEEE ”,在輸出格式中選擇“復制到剪貼板”。如何用“OK”來回報？這時我們把剪貼板的內容復制到包括記事本、Word在內的任何文本編輯工作中，稍加整理，就可以得到符合IEEE出版標準的標準文獻引用信息。
4.不足的
目前Zotero對國內中文文獻數據庫支持不好，對“中國知網”支持不全，存在數據缺失問題。讓人氣憤的是“VIP”本身並不支持火狐，所以所有的Zotero都不在話下。
第四，Zotero和Docear合作
將Zotero獲取的文檔信息導入到Docear中，使文檔的基本信息成為Docear中文檔節點的屬性，這樣研究人員只需打開文檔思維導圖，就可以獲取文檔的全面信息，包括摘要。
首先，在Zotero主窗口中選擇要導出到Docear的文檔列表，然後選擇文件-導出庫…打開導出…窗口。在格式下拉框中選擇“BibTeX”，勾選“導出備註”，在“確定”後，需要輸入導出的BibTeX文件的保存路徑。此時建議將路徑設置為“用戶路徑\ Docear _ Workspace \ _ Data \ Profiles \ Default”(此路徑為用戶安裝Docear時設置的數據目錄)，保存的文件名為docear.bib此時docear右側的“參考”窗口會提示“文件' doc ear。‘圍兜’被外部修改了！”，點擊“審核修改”按鈕，在彈出的窗口中點擊“確定”，完成文獻相關信息的導入操作。
將Docear右側“參考”窗口中的文檔信息拖動到思維導圖中對應的文檔節點，實現關聯(如下圖所示)。文檔相關信息作為文檔節點的屬性存在，遵循文檔的所有剪切、復制和粘貼操作。