在白堊紀晚期和古新世，蓮廣泛分布於歐亞大陸和北美洲。後來由於冰川的影響和澳洲與亞洲的分隔，形成了現在的亞澳美間斷分布(倪等，1995)。
據古植物學(1965)記載，蓮化石發現於北美白堊紀、亞洲、歐洲和東亞的黑龍江盆地(庫頁島)，日本漸新世-中新世地層，日本北海道和京都更新世至全新世(200萬年前)。
柴達木盆地出土了距今6.5438億年的蓮花化石。
《渤海沿岸地區早第三紀孢粉》(1978)壹書中記載，在我國遼寧盤山、山東廣饒墾利北大港、河北滄州發現兩種蓮花花粉化石。
蓮化石發現於中國海南瓊山長昌盆地地層中，屬第三紀熱帶植物地理區。
蓮化石采自廣西壯族自治區寧明縣海原大閘煤礦。
蓮花(張等，1999)發現於浙江舟山普陀島晚更新世湖相沈積地層中。
在江西臨江鎮晚始新世臨江組也發現了蓮化石(李浩民等，2002)。
蓮屬植物現有兩種，間斷分布於亞洲、澳大利亞和美洲。
歐亞種。分布在舊半球，西起裏海附近的科拉河和伏爾加河下遊，經伊朗、印度和中國的塔裏木盆地、祁連山、黃土高原和大興安嶺，東至日本本州東南部。北起俄羅斯遠東地區的傑雅河，東至烏蘇裏江，經中國、印度支那半島、印度尼西亞、伊裏安，南至澳大利亞東北部的達靈頓斯。
位於北緯51°至南緯27° 30 '左右，東經45 ~ 142°範圍內，包括伊朗-圖蘭、東亞、蘇丹-贊比亞、印度、東南亞、馬來西亞、澳大利亞東北部。
黃蓮(N.luteaPers .)分布於西半球。
其分布區北起加拿大安大略省南部(北緯50°附近)，經五大湖、美國東南部、密西西比河流域和西印度群島，南至哥倫比亞和委內瑞拉的馬努斯(南緯30° 8 '處)，包括大西洋-北美、加勒比海、圭亞那、亞馬遜和安第斯山脈。
從分布區域來看，荷花有兩個分布中心。東亞、中南半島、印度和馬來西亞是nucifera的分布中心，而大西洋-北美和加勒比海是luteaPers的分布中心
中國是荷花的起源中心之壹，栽培歷史悠久。在長期的栽培和馴化過程中，荷花被分為三種類型:蓮藕、蓮子和花蓮。
荷花也是中國最古老的作物之壹。1973年浙江於濤縣羅江村發掘的新石器時代“河姆渡文化”遺址中，有蓮花、菱角、香蒲等花粉化石，經14C測定，距今已有7000多年。碳化蓮子出土於5000多年前的河南仰韶文化遺址。
據古籍文獻記載，早在3000多年前就有關於蓮花的記載。如《詩經》中的鄭風、陳風(公元前6世紀中葉)分別有贊美荷花的詩句，如“山中有浮素，姬朝有華”，“山中有荷花”。
1923和1951年，在遼寧省新津縣普蘭店的泥炭層中發現了1000多年前的古蓮子，至今仍能發芽生長。
此外，考古發掘也證明，2000多年前的西漢時期，蓮藕就作為蔬菜食用。
唐代以前種植的蓮藕主要是深水蓮藕。南宋古籍中有水田栽培淺水蓮的記載。此後，淺水蓮在水田中栽培的事實在史料中時有提及。
紫蓮栽培歷史悠久。據《廣昌縣誌》和《福建建寧縣誌》(魏文林等，2001)記載，兩縣紫蓮的種植始於南唐，距今已有1000多年的歷史。
然而，紫蓮的大規模種植始於清代。
花蓮以觀賞為主，大部分最早引入皇家園林湖沼，已有2400多年歷史。